En l’an 530, on transportait à Lausanne le corps de Saint-Prothais, évêque d’Avenches, mort près de Bière, dans l’intérieur du Pays de Vaud, le convoi s’arrêta à Basuges ou Lisus, petite ville d’origine romaine située sur une langue de terre de la rive du Léman, à l’embouchure même du ruisseau du Boiron. — Mais quand on voulut se remettre en marche le corps, dit la tradition, parut ne pas vouloir qu’on le portât plus loin ; c’est pourquoi on l’enterra à Basuges, où l’on fonda une chapelle en son honneur : telle est l’origine de l’église de Saint-Prex, la plus ancienne du canton au dire des antiquaires.
En 1400, la sépulture du saint fut ouverte, il s’agissait encore d’une translation de ses reliques qui ne put s’effectuer, l’évêque continuant à montrer la même aversion pour le voyage qu’on voulait lui faire faire. Basuges prit le nom du prélat dont elle possédait la dépouille, et c’est de ce nom qu’on a formé, par corruption, celui de Saint-Prex.
En 563, la cité fut détruite en grande partie par une inondation qu’occasionna la chute d’une montagne dans le lac, et n’a plus repris depuis le rang qu’elle occupait. Cependant au xiiie siècle le Chapitre de l’église de Lausanne la fit entourer de murs avec une vigie sur le Lé-
