Juifs ne pouvaient plus habiter aucune localité importante du pays des Cosaques.
La paix signée, les fugitifs juifs retournèrent dans leurs demeures, là où il leur était permis de s’établir. Ceux qui s’étaient convertis par crainte de la mort furent autorisés par le roi Jean-Casimir à revenir publiquement au judaïsme. Plusieurs centaines d’enfants juifs, devenus orphelins et élevés dans le christianisme, furent également réintégrés dans leur ancienne religion. On essaya de déterminer à quelle famille ils appartenaient et on leur attacha au cou un petit rouleau indiquant leur généalogie, pour qu’ils pussent éviter plus tard de contracter des mariages prohibés. Un synode de rabbins et de chefs de communauté se réunit à Lublin, dans l’hiver de l’année 1650, pour examiner par quelles mesures ils pourraient relever le judaïsme polonais et atténuer les effets désastreux de ces temps troublés. Des centaines de femmes juives ne savaient pas si leurs maris étaient morts ou s’ils erraient quelque part, dans l’est ou l’ouest, en Turquie ou en Allemagne, et, par conséquent, si elles pouvaient se remarier ou non. D’autres difficultés religieuses étaient encore à résoudre. On dit que le synode prit sur les différents points de très sages décisions. Sur la proposition de Schabbataï Kohen ou, par abréviation, Schakh, les communautés polonaises établirent un jour de jeûne à la date où se produisit le premier massacre des Juifs de Nemirov (20 sivan).
La paix durait depuis un an et demi quand Chmielnicki reprit les armes et envahit de nouveau la Pologne avec les Zaporogues. Les premières victimes de la guerre furent encore une fois les Juifs. Mais, comme leur nombre était alors bien diminué en Pologne et que, d’un autre côté, ces longues luttes les avaient habitués à se défendre vaillamment, les massacres furent bien moins considérables que dans les guerres précédentes. Du reste, la victoire ne resta pas fidèle aux Cosaques. Ceux-ci, après avoir appelé les Tartares à leur aide, furent abandonnés brusquement par leurs alliés, qui emmenèrent Chmielnicki prisonnier. Les Cosaques furent obligés de traiter. Jean-Casimir et ses ministres stipulèrent que les Juifs pourraient s’établir librement dans toute l’Ukraine et prendre des terres à ferme.
