Quand il demanda à être rabbin de Metz, la veuve du rabbin qu’il voulait remplacer se présenta à la réunion des délégués de la communauté pour les supplier de ne pas infliger cet outrage à la mémoire de son mari en lui donnant pour successeur un hérétique. Cette intervention inattendue produisit son effet ; on nomma Jacob Josua Falk. Mais, quand ce dernier, quelques années plus tard, eut été appelé à Francfort, les partisans d’Eibeschütz réussirent à le faire élire.
Au moment où Eibeschütz se préparait à aller occuper son poste à Metz, éclata la guerre de la Succession d’Autriche. La France, qui avait fait alliance avec Frédéric II, roi de Prusse, et l’empereur Charles VII contre l’impératrice Marie-Thérèse, avait fait occuper Prague par une armée. Bientôt le bruit se répandit en Bohème et en Moravie que les Juifs avaient des intelligences criminelles avec l’ennemi, et, sur bien des points, ils furent en butte aux mauvais traitements de la foule. Un général autrichien qui campait en Moravie, croyant également ou feignant de croire à la trahison des Juifs, exigea des quelques communautés de cette région (1742) de lui envoyer à Brünn, dans un délai de six jours, une somme de 50.000 florins, ajoutant qu’en cas de refus, elles seraient pillées et massacrées. Sur les pressantes démarches de deux Juifs influents de Vienne, le baron d’Aguilar et Issakhar Berousch Eskelès, Marie-Thérèse annula l’ordre du général.
Sans songer à la réserve et à la prudence que commandaient alors aux Juifs les soupçons manifestés à leur égard par la population, Jonathan Eibeschütz, une fors nommé rabbin de Metz, rendit visite, à Prague, au général français. Il obtint de lui un sauf-conduit pour pouvoir se rendre en sécurité à Metz. Mais les autorités de la ville crurent Eibeschütz coupable d’entente secrète avec l’ennemi, et, dès que l’armée française eut quitté Prague, elles ouvrirent une enquête contre fui et mirent ses biens sous séquestre. Plus tard, tous les Juifs de Bohème et de Moravie furent accusés de trahison. Par deux décrets, rendus en 1744 contre les Juifs de Bohème et en 4745 contre ceux de Moravie, Marie-Thérèse ordonna leur expulsion à bref délai, pour des motifs très sérieux.
L’ordre de l’impératrice reçut immédiatement un commencement
