car le P. Ménestrier nous raconte une anecdote qui fait peu d’honneur aux religieuses de la Déserte. L’archevêque de Rohan, que nous avons déjà vu s’intéresser à la réforme de l’abbaye de Saint-Pierre, voulut faire la visite du monastère. Ce simple vouloir nous autorise à penser que la plus parfaite régularité ne régnait pas à la Déserte. L’abbesse, dame Antoinette de Saint-Amour de Foncraine, et ses religieuses se dirent de l’ordre de Saint-François, et exemptes par conséquent de la juridiction de l’archevêque. Les religieux franciscains se présentèrent ; alors elles prétendirent être de l’ordre de Saint-Benoît, et sous la juridiction de l’ordinaire. L’archevêque les obligea de le reconnaître pour leur supérieur, et leur donna des règlements. Le P. Ménestrier place cet épisode en l’année 1511 ; c’est sans doute par erreur, car Antoinette de Saint-Amour de Foncraine ne fut abbesse qu’en 1521.
Les Cordeliers de l’Observance, qui déjà étaient établis du côté de Vaise, voulurent vers cette époque avoir un second couvent plus rapproché de la ville. Ils arrêtèrent leurs pensées sur le voisinage de la Déserte. Nos religieuses, ayant connu ce projet, s’empressèrent de demander au Consulat renfort et soutien « pour qu’elles ne fussent sujettes aux Cordeliers de l’Observance, qui voulaient avoir un second couvent près du monastère de la Déserte, et cela à bien mauvais desseins. » (Extrait des registres consulaires, 13 août 1511).
Les bandes calvinistes, en 1562, n’épargnèrent pas le monastère de la Déserte, qui fut saccagé et pillé. Il faut croire que le monastère eut de la peine à se relever, car nous trouvons une demande de secours adressée au roi Henri. Le roi Henri répond par lettres patentes datées de septembre 1578, par lesquelles il donne à l’abbesse la terre située entre le chemin neuf tirant à la porte neuve, ensemble la petite maison basse et vigne joignant ladite terre, dépendant du domaine de Sa Majesté, et ce, en récompense de cinq sols forts de servis, plus d’un bichet de blé, et deux sols forts aussi de cens et servis qui étaient dus à ladite abbesse sur les héritages enclos dans les fortifications de la citadelle : signé Henri. Nota que ladite
