Une troisième suspension des travaux a lieu de 1630 à 1646, mais en 1646, la quatrième reprise va durer cinq années pendant lesquelles on élèvera au levant la maçonnerie des murs sur les anciennes fondations et la maçonnerie au-dessus des quatre grands arcs doubleaux ; on construira aussi, côté du matin, les quatre grandes chapelles et, côté du soir, les deux chapelles les plus rapprochées du grand portail. Monsieur Balthasar de Mornieu, chanoine de la Sainte-Chapelle, qui s’était retiré comme pensionnaire à la Chartreuse de Lyon, avait fait don de 14.000 livres pour la construction des dites chapelles.
En 1651, nouvel arrêt de trois années ; c’est la quatrième suspension, et encore, lorsqu’on reprendra les travaux en 1653, ne sera-ce que pour faire peu de chose. Alors l’arrêt est considérable, il faut faire un saut de cent vingt années pour voir recommencer les travaux.
Cette cinquième reprise, qui est la dernière, est aussi la plus importante. Cinq mille livres sont mises à la disposition du prieur, par délibération consulaire, pour l’achèvement du dôme et de la maison carrée ; c’est alors qu’apparaît l’architecte Ferdinand Sigismond Delamonce. Le 10 mars 1734, il est passé entre celui-ci et dom Claude Guinet, prieur, les conventions suivantes : Delamonce fournira les dessins pour l’achèvement de l’église, de tous ouvrages dedans et dehors, comme aussi dans le vieux sanctuaire, des trois murs circulaires sous le dôme, de sa voûte et de sa calotte couverte en bois ; il conduira les travaux, y veillera assidûment… Signé par Dom Claude Guinet, prieur, dom Fuzeaud, procureur, et Delamonce.
Le 24 avril de cette même année, les officiers de la Chartreuse de Lyon, qui avaient demandé au général de leur ordre l’autorisation, pour agrandir leur église, de construire une chapelle de chaque côté à l’entrée de la grande nef, reçurent une lettre du T. R. P. dom Étienne Richard, qui déclare ne pas consentir à cette augmentation projetée.
Dès lors, on multiplie les travaux, on se hâte vers l’achèvement
