L’ensemble de l’édifice a été l’objet d’heureuses restaurations récentes, comme l’apprend une inscription placée près de la porte d’entrée : « L’église de Saint-Irénée a été restaurée et embellie en l’an 1900, grâce à la générosité et au zèle apostolique de M. l’abbé Claude Guillon, chanoine honoraire de la Primatiale, curé de cette paroisse. Les fabriciens et les paroissiens reconnaissants. »
L’église Saint-Irénée partage, avec Saint-Nizier et Ainay, le privilège d’avoir une crypte ancienne. En raconter toutefois l’histoire certaine n’est point chose aisée, ni en décrire non plus l’état ancien, parce qu’elle a été détruite, reconstruite, remaniée, quoique le plan général en ait été conservé ; si bien que Steyert pouvait écrire « qu’elle a perdu tout son caractère par suite des remaniements et embellissements qu’on lui a fait subir et qui ont achevé de défigurer ce précieux spécimen de l’architecture du ixe siècle, déjà si mutilé. Croirait-on, ajoute-t-il, qu’on a supprimé les porte-à-faux des arcs sur les colonnes ! »
La crypte est exactement orientée ; elle occupe l’extrémité orientale supérieure de la colline. L’abside, placée en dehors du sol, reçoit le jour par trois baies ; le reste est en souterrain. M. Boué en donne une description datée de 1841, par conséquent plus fidèle que celle qu’on pourrait donner actuellement. À cette époque, on descendait dans la crypte par l’escalier situé près du calvaire ; on apercevait à droite le caveau où ont été rassemblés les ossements dispersés par les huguenots, puis on trouvait une chapelle dédiée à saint Polycarpe, d’une époque assez ancienne. On entrait alors dans la crypte par une ouverture pratiquée dans le rond-point de l’abside, à la place d’une fenêtre qui y préexistait. De nos jours, on y pénètre par une entrée latérale pratiquée sur la paroi nord de l’absidiole de gauche.
Le monument est à trois nefs, séparées par des colonnes que surmontent des chapiteaux corinthiens très simples. Ces colonnes supportent des arcs en plein cintre et délimitent ainsi cinq travées. La nef est voûtée en berceau à plein cintre ; à l’intersection de la nef et de l’abside, un arc doubleau supporté par des pilastres établit la séparation. L’abside est à cinq pans, éclairée par trois baies, bouchées en partie. Dans sa description, M. Houé marquait, sur les deux premiers pans, deux grandes fenêtres, et sur les deux autres, des niches vides de leurs statues ; mais, a-t-il soin d’ajouter, tout cela dénaturé par des moulures en stuc et par diverses mutilations. Actuellement, les trois baies occupent les pans impairs, séparés par des espaces vides. La coupole est en cul-de-four et ornée de fresques récentes. De chaque côté de l’abside, mais avec une profondeur moindre, se trouvent les deux absidioles, qui se terminent ainsi presque au niveau de la travée.
Au fond de la nef, le mur est percé d’une porte donnant issue sur les deux escaliers et corridors de sortie, dans lesquels on a placé plusieurs sarcophages chrétiens, avec inscriptions, et de nombreux fragments de sculpture provenant de l’ancienne basilique. Les arcs à plein cintre de l’abside, les arcs des travées ont été restaurés dans leurs dispositions primitives, c’est-à-dire formés de claveaux de pierre alternant avec des claveaux de briques.
