Lorsque l’ordre fut rétabli et l’autorité royale exercée par le maréchal de Vieilleville, les chanoines de retour constatèrent l’étendue de leurs pertes : ils étaient sans église, sans domicile, sans argent. Leurs actes capitulaires marquent une première assemblée au mardi 6 juillet 1563 ; ils s’étaient installés provisoirement chez les Minimes absents, dont ils avaient rouvert la chapelle, et ils tenaient séance dans une salle haute de l’auberge attenante de Laurent Thévenet.
Leur plus grave souci fut d’écarter la réunion que le maréchal gouverneur voulait leur imposer avec le Chapitre de Saint-Paul ; pour refuser ils s’appuyèrent sur le comte de Tournon, premier chanoine d’honneur de leur compagnie, ainsi que sur sa mère, et ils n’épargnèrent pas à cet effet leurs voyages à Roussillon. Après l’abandon de ce projet d’association, ils se demandèrent à quel endroit se fixer. Fourvière leur parut trop écarté ; le couvent de la Croix de Colle aurait plu, mais les religieux réclamaient leur propriété et soutenaient leur droit de n’être pas délogés, même avec indemnité. Rebâtir sur l’emplacement primitif et sur le plan d’autrefois ne souriait à personne ; on manquait de ressources et le lieu n’offrait plus assez de sécurité. Près du corps de garde, en avant de la porte communiquant avec le faubourg, plusieurs tènements avec des maisons sans importance se trouvaient disponibles : les tènements Bodet, Langlois, Crotte-Bérelle, la maison de Jésus. Cette dernière eut la préférence : elle était alors louée au prix de 90 livres à un hôtelier nommé Guyot, catholique assez tiède, qui avait cependant conservé l’enseigne de Jésus. L’acquisition coûta 2.000 livres ; on calcula que sur ce terrain l’église neuve pourrait avoir 137 pieds de longueur sur une largeur de 40 ; la hauteur irait à 80 pieds et, en employant les matériaux des ruines, on estima la dépense totale à 24.000 livres tournois. Immédiatement on creusa les fondations et on entreprit le déblaiement. Les capitulants de la collégiale n’auront pas désormais de préoccupation plus constante, dans leurs délibérations, que de conduire le monument à son plein achèvement, à sa perfection. La Révolution les surprendra dans leurs perpétuelles combinaisons d’embellissement ou d’agrandissement : leur corps sera dissous, mais en disparaissant il léguera à la paroisse concordataire le fruit de son zèle et de ses épargnes. Il nous reste à raconter rapidement les principaux incidents de ces travaux et de ces transformations intermittentes.
Le plan de la bâtisse fut dressé par M. du Chaffault, ingénieur du roi : Pierre Faure eut la maçonnerie, la charpente échut à Étienne Garin : Nicolas Durand posa les deux verrières du fond, mesurant 17 pieds et demi de haut et dix deux tiers de large ; Jean Decourtel les quatre autres de la nef et une cinquième au-dessus de l’entrée. Trois chanoines acceptèrent la mission de veiller à l’exécution de tout et de régler les ouvriers, Jean Laurencin, le futur obéancier, Michel Gautrelet et le sacristain Antoine Bellièvre. Les ressources vinrent de divers côtés ; on proposa le rachat de nombreuses redevances et servis ; on vendit les droits de justice du faubourg ; on reçut du Consulat une notable subvention ; on emprunta et un marchand lucquois par exemple, Paulin Benedicti, souscrivit 1.000 livres ; on sacrifia des joyaux et des pierreries ; la châsse du saint Innocent en particulier fut confiée à M. Thomas, garde de la monnaie, qui l’estima et la transforma
