L’an 1637, le duc de Longueville s’étant emparé de la ville de Saint-Amour, les religieuses Annonciades Célestes se virent contraintes d’abandonner leur monastère, et, sous la protection de l’évêque de Mâcon, gagnèrent, non sans de grandes fatigues et privations, la ville de Lyon où elles désiraient se réfugier. Cette ville ne voulut leur donner asile qu’après en avoir obtenu la permission du roi, ce qui obligea les exilées à demeurer deux mois dans un village des environs. Après ce temps, elles firent leur entrée en ville, et s’installèrent dans un ancien hôpital très malpropre, où quatre d’entre elles moururent bientôt. La maladie et les privations supportées dans le voyage réduisirent la petite communauté à seize religieuses, de trente-deux qu’elle se composait à la sortie de Saint-Amour. Elles vivaient dans une grande pauvreté, les dames de la ville ayant cessé de leur faire l’aumône lorsque la clôture fut établie.
Cependant, quoique dépourvues de ressources, les sœurs louèrent une maison, et cette habitation, bien qu’étroite et fort modeste, leur paraissait délicieuse parce qu’elles pouvaient y vivre dans l’exacte observance de leur règle et garder la clôture. Le cardinal de Richelieu, archevêque de Lyon, leur donna de nombreux témoignages de sa paternelle bonté : à l’époque de la peste quelques religieuses en ayant été atteintes, il les fit sortir de la maison et leur en procura une autre. Durant les quinze années qu’il survécut, il leur fit des aumônes dont le chiffre monta jusqu’à 22.000 livres. Quand la peste eut cessé, le cardinal pourvut les Annonciades d’un logement plus spacieux, situé en meilleur air et si proche du premier monastère du même ordre que, du jardin, les sœurs pouvaient se voir les unes les autres.
Le deuxième couvent ne devait guère survivre plus d’un siècle à sa fondation ; en 1750, à la suite d’enquêtes qu’on va rappeler, il fut supprimé par l’autorité religieuse. M. Navarre, promoteur diocésain, donnait, à cette époque les renseignements suivants :
« Le second monastère de l’Annonciade composé actuellement de vingt-sept religieuses professes, d’une novice et de six sœurs converses, jouit, suivant l’état qu’il a présenté, de 4.000 livres de rentes environ que produisent une maison et un jardin loués 690 livres, des contrats sur la ville de Lyon, sur les tailles, sur l’hôtel-Dieu et quelques particulières. La dépense annuelle de cette maison pour la subsistance des professes et des dites sœurs monte à la somme de 6 à 7.000 livres, ce qui présente d’abord un vuide qui s’augmente encore par la somme de 1.600 livres environ, que la maison est tenue de payer annuellement pour le capital de 31.400 livres dues à différents créanciers. » Le promoteur ne voit qu’un remède à cette situation financière inquiétante, c’est de << pourvoir à la subsistance des religieuses du second monastère transférées au premier ou dispersées dans d’autres communautés, d’acquitter les dettes de cette maison, et, ses dettes acquittées, de vider le surplus des biens au premier monastère ».
