Son régiment qui s’aperçoit de cette perte, exécute une nouvelle charge et retire son commandant des mains de l’ennemi ; Pajol, que les Autrichiens avaient dépouillé de ses habits, monte en chemise un cheval de prise, redouble la charge, fait un horrible carnage des Autrichiens et ramène bon nombre de prisonniers. Masséna le proclama à l’instant colonel.
Passé au 6e hussards, à l’armée d’Italie, il perdit presque tout son régiment à la bataille de Novi, revint en France pour le remonter, rentra en campagne à l’avant-garde de Lecourbe, se signala dans tous les combats, reçut en 1801 un sabre d’honneur, à la bataille de Neubourg, pour avoir enlevé 200 prisonniers à un régiment de cuirassiers, et mérita les éloges de Moreau à Hohenlinden. Général de brigade à la suite des batailles d’Ulm, de Léoben et d’Austerlitz. Il fit les campagnes de Prusse et de Pologne en 1806 et 1807, et se distingua particulièrement à la Passarge et à Gutstadt. À la bataille d’Heilsberg il soutint, avec trois régiments, la charge de toute la cavalerie ennemie, et donna le temps à la cavalerie française de se rallier. Après la bataille de Friedland il passa le premier la Pregel et entra à Tilsitt avec l’ennemi.
En 1809 il commanda toute la ligne d’avant-postes en Bohême et reçut en 1809 la déclaration de guerre de l’Autriche dont les forces l’assaillirent sur tous les points. Il les contint avec 2 000 hommes jusqu’à l’arrivée de Davoût. Napoléon, témoin de son intrépidité à Eckmühl, le créa commandeur de la Légion-d’Honneur. À la bataille de Wagram, il soutint tous les efforts que fit la cavalerie ennemie pour se porter sur le Danube et la battit. Lors de l’expédition de Russie, il forma l’avant-garde de Davoût, passa le premier le Niémen, le 24 juin, s’empara de Kourno, fit prisonnier, un bataillon russe, prit Eré, Zimori, Wilna, Minski et les immenses magasins de cette ville. Instruit que le grand parc d’artillerie du général Bagration avait choisi une route difficile, il se mit à le poursuivre avec 100 des meilleurs chevaux de son avant-garde. Cette expédition lui valut le grade de général de division le 7 août 1812. Les services qu’il rendit dans cette campagne sont innombrables. À la Moskowa il soutint les plus grands efforts des Russes, vit périr à ses côtés les généraux Montbrun, Caulincourt, Désirat et ses propres aides-de-camp. Enfin débordant avec sa cavalerie la grande redoute des Russes, pendant que l’infanterie l’enlevait, il força l’ennemi à la retraite.
Le 9, ayant occupé Mojaisk, il fit deux bataillons russes prisonniers, eut le bras droit cassé d’un coup de fusil, son cheval tué, et n’en poursuivit pas moins l’ennemi jusqu’à Moscou. Il accompagna l’armée dans sa fatale retraite, et à peine guéri de sa blessure, il combattit en 1813 à Lutzen, à Bautzen, à Buntzlau, à Dresde. Ce fut de l’une de ses pièces que partit le boulet qui emporta les deux jambes à Moreau.
Le général Pajol protégea la retraite du corps de Vandamme dont il reçut les débris et garda les débouchés de la Bohême. Ce fut dans cette position que Napoléon ayant manqué d’être pris par le peu de surveillance des piquets de sa garde, s’écria devant tout son état-major qu’il n’avait plus de généraux de cavalerie que Pajol ; que celui-là savait non-seulement se bien battre, mais ne pas dormir, se bien garder et n’être jamais surpris, et qu’il lui fit expédier l’ordre de se rendre près de lui.
À la tête du 5e corps de cavalerie, Pajol soutint le choc de la cavalerie ennemie réunie contre lui à Wachau.
