de Schérer, Joubert, ayant repris le commandement de l’armée d’Italie, fit nommer en 1799, général de division et son chef d’état-major, Suchet qui quittait alors l’armée du Danube. Après la bataille de Novi, où la France perdit Joubert, Suchet continua ses fonctions sous Moreau et Championnet.
Au 18 brumaire, Bonaparte chargea Masséna du commandement de l’armée d’Italie et lui donna Suchet pour lieutenant. À la tête d’un faible corps de 5.000 hommes, à peine vêtus, sans magasins et sans ressources, pour lutter contre 60.000 hommes commandés par le général Mêlas, Suchet prit une part brillante aux résultats de la campagne de Gênes et du Var, non moins mémorable par les talents et la prodigieuse activité qu’il y déploya, que par l’inébranlable courage de ses troupes, au milieu des plus grands dangers et des privations les plus absolues. Séparé de la droite de l’armée par la prise de Saint-Jacques, il lutta pendant 38 jours avec succès et défendit pied à pied la rivière de Gênes. Les forces de l’ennemi l’ayant obligé à se retirer derrière le Var, il s’y retrancha et conserva une tête de pont. Les efforts de Mêlas, renouvelés pendant 16 jours et soutenus par une escadre anglaise, échouèrent contre ses dispositions et la valeur de ses troupes. Par cette défense, il sauva d’une invasion le midi de la France et prépara le succès de l’armée de réserve qui se portait à Marengo.
Dès ce moment le général Suchet prit l’offensive. Il avait mis à profit la découverte du télégraphe employé pour la première fois à la guerre. Deux sections, laissées par lui aux forts de Villefranche et de Mont-Alban, au milieu des Autrichiens, le prévinrent de leur marche rétrograde. Suchet précipita la sienne par la crête des montagnes, coupa la retraite aux Autrichiens qui avaient suivi les bords de la mer, et leur fit 15.000 prisonniers.
Masséna, renfermé dans Gênes, venait de capituler après une immortelle résistance ; Suchet, qui l’ignorait et conservait l’espoir de dégager cette ville, traversa en peu de jours la rivière de Gênes, rejoignit la droite de l’armée, sortit de Savone par capitulation, et se porta rapidement vers les plaines d’Alexandrie. Sa présence à Acqui contribua à la victoire de Marengo, suivant le rapport de Mêlas, qui fut obligé de lui opposer un fort détachement. Après cette bataille, il fut chargé de réoccuper Gênes et son territoire. Il maintint partout une discipline sévère et s’acquit l’estime et la confiance des habitants de cette malheureuse république.
La campagne s’étant rouverte, en 1801, après six mois d’armistice, le général Suchet commanda le centre de l’armée, composé de trois divisions fortes de 18.000 hommes. Au passage du Mincio, il secourut et dégagea le général Dupont, et fit avec lui 4.000 prisonniers sur le général Bellegarde à Pozzolo.
Après la paix de Lunéville, il fut nommé inspecteur général d’infanterie. En 1804, il alla commander une division au camp de Boulogne. Il y fut particulièrement chargé de faire creuser le port de Vimereux, et fut nommé peu après gouverneur du palais de Laeken, près Bruxelles.
À l’ouverture de la campagne d’Allemagne, en 1805, sa division devint la première du 5e corps de la grande armée ; commandée par le maréchal Lannes, elle se distingua à Ulm et à Hollabrunn ; à Austerlitz, elle enfonça la droite de l’armée russe et la sépara du centre. On admira sa marche en échelons par régiment, comme à l’exercice, sous le le feu de 50 pièces de canon. Après cette bataille, Suchet fut décoré du grand aigle de la Légion-d’Honneur.
Dans la campagne de Prusse de 1806, sa division remporta le premier avantage à Saalfeld. Elle commença l’attaque à Iéna,
