Hélas ! le corps de l’édifice s’affaissait déjà et dès l’année 1700, un procès-verbal dressé par des architectes constatait sa ruine.
Le 11 février 1754, un éboulement se manifesta au-dessus des parties latérales de l’église et l’évêque dut prononcer l’abandon de la Cathédrale que le chapitre quitta processionnellement le 27 Février 1754, pour aller s’installer dans la chapelle de l’Hôtel-Dieu, appelée depuis l’hôpital Saint-Yves.
Un arrêt du Conseil du Roi du 2 Juin de la même année, ordonna la démolition de l’édifice.
Plusieurs personnages avaient reçu la sépulture dans le chœur de la cathédrale. Sur une plaque de cuivre on lisait :
« Cy-gist le corps d’Isabelle de Bretagne, sœur unique de la Reine Anne, qui décéda le X de juin MIIIIcc IIII** IX de son âge le huitième. »
En 1803, après le rétablissement du culte catholique, l’église abbatiale de Saint-Melaine devenue paroisse fut assignée au chapitre pour les cérémonies du culte qui pouvaient lui incomber.
Le cardinal Fesch, oncle de Napoléon Ier, vint à Rennes en 1808 et ne put voir sans regret les tours de la cathédrale veuves de leur église. Il en parla à l’Empereur et bientôt après parut le décret suivant qui mérite d’être cité : « Voulant, dit l’Empereur, donner une preuve de l’intérêt que nous portons aux habitants de notre bonne ville de Rennes, et voulant ne pas laisser imparfaite leur église cathédrale, nous avons décrété et décrétons ce qui suit :
