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Toute maladie provenant d’une excitation accrue ou mal équilibrée, commençait par un organe, et pouvait s’étendre aux autres sympathiquement. Lorsque cette sympathie atteignait le cœur et multipliait ses contractions, elle accélérait la circulation du sang et provoquait la fièvre, qui était non la cause, mais l’effet d’une maladie. L’organe le plus exposé par la nature de ses fonctions à des troubles nombreux et graves était le viscère digestif, que M. Broussais considérait comme le siége des principales irritations. Aussi la gastroentérite était la maladie fondamentale et génératrice de la plupart des autres.

D’après ce système, la maladie n’étant que l’excès ou le manque d’irritabilité vitale dans un organe, la méthode curative devait consister à la diminuer là où elle était trop considérable, à l’augmenter là où elle était trop faible. Les débilitans et les stimulans étaient les seuls moyens thérapeutiques à l’usage du médecin. Comme les maladies par irritation étaient incomparablement plus nombreuses que les maladies par défaut de stimulation, les débilitans se recommandaient dans presque tous les cas. On agissait sur l’irritation de plusieurs manières : directement, par des substances ayant une propriété spéciale sédative ; indirectement, par la diète qui diminuait l’excitation, par des saignées locales qui dégorgeaient la partie enflammée, enfin par l’emploi des révulsifs, qui transportaient l’irritation sur une partie du corps moins importante que la partie attaquée, et plus propre à la recevoir sans danger. Tout s’enchaînait dans ce système : la physiologie se fondait sur l’irritabilité des organes et son action régulière, la pathologie sur la stimulation désordonnée de cette irritabilité, enfin la thérapeutique sur sa diminution ou son accroissement pour en rétablir l’équilibre. M. Broussais construisait toute la science de l’organisation vivante et malade avec un seul phénomène, l’irritabilité, comme Condillac avait fondé sur une faculté unique, la sensation, toute la science de l’entendement humain.

Ce système si bien arrangé pour l’esprit, si facile à apprendre, si commode à appliquer, dans lequel les troubles des organes étaient rattachés à leurs fonctions et la maladie avait la même origine que la santé, M. Broussais, qui connaissait la puissance des mots, lui donna le nom de médecine physiologique. Il fallait l’établir après l’avoir conçu. Il fallait passer de la théorie à l’action et devenir tout-à-fait révolutionnaire. M. Broussais était propre à remplir ce rôle. Sans préjugé comme sans déférence, il ne se laissait arrêter par aucune idée reçue et ne fléchissait pas devant les autorités les plus