Ces instructions si précises, tombées au pouvoir des gardiens du prisonnier, eurent pour effet de rendre sa détention plus rigoureuse et de hâter son transfert à Lyon, déjà décidé. Avant de partir, il comparut devant un représentant du peuple qui se trouvait au Puy et qui l’adjura, de désigner tous ses complices, en faisant luire à ses yeux, pour prix de ses révélations, la possibilité d’une mesure de grâce. Il commença par désigner trois habitans de la Lozère et un Anglais qu’il ne nomma pas, comme préparant une contre-révolution dans le Bourbonnais. Puis, coupant court brusquement à ces premiers et vagues aveux, il déclara n’en vouloir faire qu’à « ceux qui avaient découvert l’infâme conspiration de Robespierre, » et qu’au surplus, « ses forfaits avaient mérité la mort. »
Arrivé à Lyon, le 23 octobre, avec Robert et Charbonnelle de Jussac, il comparut avec eux, le 15 novembre, devant le premier conseil de guerre de la 19e division militaire, réuni au Palais de Justice. Ils étaient assistés d’un avocat nommé d’office. Devant l’évidence de leur participation à des rassemblemens armés, seul fait qu’en définitive eut officiellement retenu l’accusation, et en l’absence des témoins, le procès n’exigeait ni débats, ni longues audiences. En moins de deux heures, tout fut dit. Le conseil, délibérant à huis clos, prononça à l’unanimité la peine de mort contre Jean-Pierre Barlatier, reconnu pour être Dominique Allier, et contre ses deux co-accusés. Il ordonnait, en outre, l’impression à deux mille exemplaires et l’affichage du jugement, qui devait être exécuté sans délai, sous la réserve des vingt-quatre heures accordées par la loi aux condamnés pour se pourvoir en révision. Quoiqu’ils n’eussent rien à espérer de nouveaux juges, ils interjetèrent appel de cette terrible sentence. Mais le conseil de révision la confirma le lendemain. Dès lors, la loi devait suivre son cours.
Les seuls détails qui nous aient été conservés de leur supplice sont très fidèlement résumés dans le rapport qu’expédia au Directoire le général Pille, le 27 brumaire, à quatre heures du soir.
« Dominique Allier et ses deux complices viennent de tomber sous la hache de la loi, sur la place de la Liberté, en face de la maison commune de Lyon. Une foule immense s’est précipitée sur leur passage, poussée par la seule curiosité. Le nommé Robert, qui a monté le premier sur l’échafaud, et qui, entre autres crimes, a assassiné un curé assermenté qui lui donnait
