Les interrogatoires et les confrontations se suivirent sans interruption pendant tout le mois de septembre. Hector d’Angeray, sieur de Saint-Bonnet, fit des aveux. Saint-Vallier commença par nier, mais pressé par l’évidence, il finit par reconnaître la part qu’il avait prise dans l’affaire. Il avait reçu les confidences du connétable qui lui avait fait jurer le secret sur une croix. Il avait assisté à l’entrevue avec le sieur de Beaurain, à l’échange des dépêches entre l’empereur et le connétable et à l’envoi de Saint-Bonnet en Espagne. Il avait consenti à être dépositaire du chiffre destiné à l’échange des dépêches ; mais il avait aussitôt blâmé le connétable, lui remontrant la faute qu’il faisait, les malheurs qui suivraient. Celui-ci en avait paru touché et avait promis de renoncer à ses projets.
Les commissaires étaient encore à Loches au mois de décembre, ainsi que le prouve un article du compte municipal de Pierre Ribot, receveur de la communité de Loches : « Environ la saison de Nouel pour presanter et donner à M. le premier présidant, M. de Loynes, et autres conseillers de la court, qui estoient en la ville de Loches pour le fait de messieurs de Saint-Vallier et d’Autun, un saulmon, v l. x s. »
Le 10 décembre, l’affaire était envoyée au Parlement et les prisonniers transférés à Paris. Saint-Vallier, interrogé de nouveau, persista dans ce qu’il avait dit. Le 16 janvier il fut par arrêt déclaré criminel de lèse-majesté, et comme tel condamné à avoir la tête tranchée, ses biens acquis et confisqués au roi, et avant l’exécution il devait subir la question extraordinaire pour savoir ses complices de la conspiration.
Ébranlé par tant d’émotions, Saint-Vallier tomba malade ; l’exécution fut retardée. Cependant le prisonnier dut subir, sur les instances du roi, une sorte de dégradation ; le comte
