gés à leur tour. Avant de négocier, on se battit de part et d’autre avec fureur ; le peuple répondit aux interdits spirituels par l’assaut du bourg de Saint-Just, les odieuses atrocités d’Écully et de Genay. Philippe de Savoie et les chanoines durent céder à plus fort qu’eux ; mais ni les franchises communales, ni la domination du roi de France n’effacèrent de longtemps le ressentiment né de ces troubles et les maux qu’avait entraînés cette guerre civile.
La Réforme ne fit pas couler moins de sang dans les rues de la ville surprise et dévastée par le trop célèbre baron des Adrets. 
Toutefois l’orthodoxie résista davantage que les arquebuses du guet ; aussi loin que le fanatisme poussa la rage d’anéantir le culte et ses temples, il ne parvint qu’à renverser des constructions matérielles, à piller des châsses ou à brûler des reliques, à massacrer quelques moines, à rançonner des marchands et des banquiers : la population se refusa à passer au calvinisme ; la domination des ministres huguenots, disparue avec les bandes dauphinoises qui les avaient installés, elle se retrouva papiste, croyante à la messe, filialement attachée à la Mère de Dieu.
Aussi bien, quand les soulèvements du protestantisme seigneurial et politique furent éteints, quand l’agitation de la Ligue fut apaisée, il se produisit dans le diocèse un mouvement d’apostolat, de zèle, de vertus surnaturelles, qui probablement n’a été dépassé nulle part ailleurs : le clergé se réforme lui-même ; les monastères se renouvellent ; des confréries s’établissent et prospèrent. Les fidèles accourent aux prédications ; la jeunesse s’instruit au collège de la Trinité ; des hommes de notoriété et de valeur se groupent dans la discrète Compagnie du Saint-Sacrement ; les offices paroissiaux sont assidûment fréquentés ; le curé de Saint-Nizier, le savant Benoît Puys, polémique en leur faveur et entraîne l’opinion ; des séminaires sont inaugurés ; François de Sales introduit les gens du monde dans la vie dévote
