chapelle Saint-Vincent de Paul était autrefois dédiée à l’Annonciation ; on en doit la fondation à Guillaume de Regnauld, dont on voit encore la pierre tombale ainsi conçue : « Ci-gist noble homme Guillaume Regnauld, bourgeois de Lyon, et dame Françoise Faure, sa femme, lesquels sont décédez, scavoir : le dict Regnault le 10 avril 1371, et la dicte Faure le 5 mai 1574. » L’inscription est accompagnée de deux blasons. L’autel est décoré d’un bas-relief : Jésus bénissant les enfants, et d’un beau retable de style gothique ; au-dessus, statue de saint Vincent de Paul, et par côté, vitrail de J. Magnin de Lyon : saint Vincent de Paul encourageant les dames de Charité. En face de l’autel, un tableau représente le même saint Vincent apparaissant à ses premières religieuses.
À la suite s’ouvre la chapelle Saint-Joseph, qui porta aussi le nom de la Visitation, de Sainte-Élisabeth et de la Cadière, sans doute à cause de la célèbre Sibylle Cadier, dont la famille l’aurait fondée. L’autel est orné d’un bas-relief : la mort de saint Joseph, et d’un bon retable gothique ; il est surmonté d’une statue du saint. Un vitrail moderne, signé Champigneulle de Bar-le-Duc, représente saint Joseph entre saint Pierre et saint Paul ; au bas du vitrail : « Petrus Charpin, camerarius Sancti Pauli, 1418 » pour rappeler sans doute que ce vitrail a été donné par un Charpin, descendant de Pierre, et dont le blason se voit au sommet du vitrail. Contre la muraille, vis-à-vis de l’autel, une intéressante inscription relative aux Charpin : « À la mémoire de Pierre Charpin, docteur en décrets, chanoine et secrétaire de Sa Sainteté le pape Jean XXIII, chanoine et chamarier de Saint-Paul, première dignité de cette collégiale, en 1418, officiai et vicaire général de monseigneur Amé de Talaru, archevêque de Lyon, chanoine de Saint-Just, chevalier de l’Église de Lyon et doyen de l’Église de Vienne ; il fit construire la tour de cette église. Pierre Charpin, son neveu, qui fut après lui chamarier de Saint-Paul, en 1448, officiai de Lyon, chanoine de Saint-Just, chevalier de Lyon et doyen de l’Église de Vienne ; il fit élever à ses frais l’aiguille de la tour de cette église. Barthélémy Charpin, neveu de Pierre II : il fut chanoine de Saint-Paul et de l’Église de Reims sous monseigneur Pierre de Laval, archevêque de Reims, premier pair de France, qui sacra et couronna le roi Charles VIII, le 30 mai 1484 ».
La chapelle Saint-François-Xavier s’appelait autrefois Notre-Dame-de-Grâces, Saint-Paul, la Paix. Elle fut fondée par Jean Machard, originaire de Bourg-en-Bresse et sacristain-curé de Saint-Paul. « Elle présente à l’extérieur, sur la voussure de l’arc ogival, une série de huit médaillons elliptiques, où l’on voit six anges musiciens jouant chacun d’un instrument : trompette, guitare, violon, harpe, orgue à main et cornemuse. Il s’y trouve
