De suite, on commença les travaux, confiés à M. Boisset, entrepreneur. Le 18 juin 1852, l’édifice ne paraissant pas assez solide, on dut procéder à des améliorations. Les dépenses totales s’élevèrent à près de 40.000 fr., compris un supplément de construction auquel avait présidé M. Laresse, entrepreneur. La chapelle achevée, M. Dutel obtint de M. Barou, vicaire général, l’autorisation de la bénir. La cérémonie eut lieu le 22 août 1852. Elle débuta par l’installation de M. Dutel, présidée par M. Chaumont, curé de Saint-Polycarpe, au nom du cardinal de Bonald. M. l’abbé Rigothier était en même temps choisi comme vicaire. M. Dutel procéda ensuite à la bénédiction de l’édifice ainsi que d’une cloche fondue chez Burdin ; le parrain en fut M. Frédéric-Jacques Willermoz, et la marraine Mme Madeleine Willermoz, née Perret. Le nouveau curé organisa ensuite le spirituel de la paroisse et l’enrichit de plusieurs confréries. Le 3 septembre 1852, il érigea le Chemin de Croix ; établit, le 3 octobre, la confrérie du saint-Rosaire, et, le 5 décembre 1852, celle du Saint-Sacrement. Entre temps, on avait nommé une commission de six membres chargée de la construction de l’église définitive : MM. Boisset, Tournessus, Gibaud, Gurcet, Jaillet et Giraud. Ils choisirent comme architecte M. Desjardins père, architecte du diocèse et de la ville de Lyon, lequel fit un devis s’élevant à la somme de 165.000 francs. M. Baron, vicaire général, transmit, le 14 juillet 1853, un décret, daté du 4 juin, par lequel saint-Bernard était érigé en succursale et qui permettait la nomination des fabriciens. Ceux-ci furent : MM. Teste, Bernard, Guénard, Tournessus, Gurcet, Duport, Matthieu, Giraud et Cousançat. Un terrain d’une étendue de 2.580 mètres avait été légué à la ville de Lyon, le 25 septembre 1850, par M. Frédéric Willermoz pour la construction de l’église, à condition qu’elle fût sous le vocable de Saint-Bernard, en souvenir du monastère des Bernardines, à qui ce tènement avait appartenu avant la Révolution ; M. Willermoz, estimait son terrain 100.000 fr., se contentait d’une somme de 25.000 comme dédommagement, et exigeait cinq messes par an pour sa famille.
Le 12 juin 1856, le legs fut reconnu par autorité impériale, et, le 4 février 1858, on prit possession du terrain. Les travaux toutefois ne furent commencés que le 12 janvier de l’année suivante, sous la direction de M. Desjardins, architecte, par MM. Bénassy et Renvoisé, entrepreneurs. Lorsque les fondations sortirent de terre, la première pierre fut bénite, le 28 mai 1860, par le cardinal de Bonald. À cette cérémonie assistèrent : MM. Dutel, curé de Saint-Bernard ; Chaumont, curé de Saint-Polycarpe ; Ferdinand
