On sait qu’une partie de l’emplacement sur lequel s’élève la basilique fut donné par un pelletier lyonnais. En reconnaissance de cette libéralité, la corporation des pelletiers, précédée de ses deux doyens montés sur des mules blanches, était, le jour de la fête de saint Jean-Baptiste, reçue à la porte de la cathédrale par le chapitre et était autorisée à suivre la procession, torches allumées.
Ce serait donc vers 1110 qu’auraient été entrepris les travaux de construction. On ne sait rien des premiers maîtres de l’œuvre. Tout autorise à croire que, dès le début, le plan de l’édifice était arrêté dans ses grandes lignes. Ainsi, de récents travaux ont mis au jour les deux murailles souterraines, destinées à supporter les piliers de la grande nef : ces murailles sont établies en lignes parallèles, et si, plus tard, la rangée méridionale subit cette déviation qui frappe le regard, il est d’évidence qu’elle n’entrait point dans les plans des premiers constructeurs. Il est à présumer que le tracé de l’église future enveloppait complètement l’ancien baptistère ; c’est l’hypothèse très admissible, émise par M. Guigue, dans la notice qu’il a écrite pour servir d’introduction au bel ouvrage de M. Bégule : Monographie de la cathédrale de Lyon. Le culte ne subit pas d’interruption et, d’ailleurs, il paraît prouvé que le clocher de l’ancienne église ne fut démoli qu’en 1293.
Il se peut très bien aussi que le chœur, qui fut la première partie construite, se trouvât en dehors, entre le vieux baptistère et la rivière. L’abside, les deux chapelles annexes et une portion du transept étaient achevées vers le milieu du xiie siècle ; le style en est des plus intéressants, avec son mélange de romano-byzantin et d’ogival. Ce qui n’est pas moins curieux, ce sont les pierres employées, tant par leur nature que par leurs dimensions. Le Lyon du moyen âge avait trouvé de véritables carrières de matériaux dans les monuments romains, épars sur le sol. Ce fut le forum de Trajan, démantelé par les Barbares, et dont les restes encore debout s’écroulèrent en 840, qui fournit au chapitre ces beaux marbres et ces blocs de choin calcaire à grain serré, qu’on admire dans les parties primitives de l’église.
Le transept fut achevé et la nef commencée sous l’archevêque Guichard qui siégea de 1165 à 1180. Au début de la construction, l’art ogival s’était accommodé aux traditions romanes de nos régions. Mais maintenant qu’il s’affirme partout, les lignes horizontales et relativement surbaissées de l’abside ne peuvent convenir aux élans qui sont la caractéristique du nouveau style. Le transept et la nef principale reçoivent donc une hauteur supérieure de 7m 50 à celle de l’abside ; pour racheter cette différence, un mur ajouré de verrières est élevé au-dessus de l’arc du chœur. Désormais les échantillons de matériaux antiques deviendront rares et seront de moindres dimensions ; ce sont les carrières de Lucenay et d’Anse qui alimenteront la construction.
L’édifice était assez avancé, en 1245, pour que le treizième concile œcuménique pût s’y réunir sous la présidence du pape Innocent IV. Lors du concile suivant, convoqué, en 1271, par Grégoire X, pour prononcer la réunion des Églises grecque et latine, quatre travées de la nef, à compter du chœur, étaient achevées et la basilique recevait les cinq cents évêques et les mille abbés ou prélats qui s’étaient rendus à Lyon en cette mémorable
