le 30 mai 1496, celui de 50 chênes « pour suspendre les cloches ». En 1525, un Florentin, Barthélémy Panchati, commença les travaux de la chapelle du Rosaire au bas et à gauche du chœur (n° 67). La paroi nord de l’église était dès lors complèlement garnie ; il faut traverser les nefs pour trouver, contre la paroi sud, la « chapelle magnifique de Saint-Thomas-l’Apôtre, que Thomas de Gadagne, Florentin, fit construire, en 1525, avec un caveau au-dessous, le tout voûté. Il fit faire en même tems l’autel, au retahle duquel est l’excellent tableau, ouvrage de Salviati, peintre. Les figures agenouillées dud. sieur de Gadagne et de son épouse, en marbre blanc, sont placées au fond de la chapelle » ( n° 82).
Trente ans plus tard, en 1556, le Consulat ayant acquis le cimetière des Prêcheurs le transforma en une place publique qui prit le nom de place Confort : toutefois la croix qui dominait le champ du repos fut conservée et tomba seulement en 1562 sous les coups des protestants maîtres de Lyon.
La résistance que les religieux avaient tenté d’opposer aux Huguenots devait condamner le couvent des Jacobins à une complète destruction. Les religionnaires semblent toutefois s’être peu attaqués aux bâtiments ; ils pillèrent la sacristie, la bibliothèque et les archives, enlevèrent les cloches données par Charles XIII ; dans l’église, ils renversèrent l’autel principal et le chœur dans lequel il était placé, mais une seule chapelle fut entièrement détruite par eux, celle fondée par les Rubys au couchant de la chapelle basse. Claude Rubys, l’historien de Lyon, la rétablit en 1585 et la plaça sous le vocable de son patron saint Claude (n° 91).
Du reste les dégâts commis par les protestants disparurent assez rapidement : en 1600, un citoyen lyonnais, Claude Dupré, construisit à côté de celle des Rubys une chapelle « à l’honneur de sainte Geneviève » (n° 92) ; en 1602, une autre chapelle, dédiée à saint François, fut élevée par François Michel de l’autre côté de celle de Saint-Claude (n° 89) ; en 1603, grâce à la libéralité des fidèles, la croix de la place (Confort fut réédifiée (n° 65) ; en 1626, Alexandre Orlandini fit employer au rétablissement de l’autel principal et du grand chœur des marbres blancs apportés de Gênes en 1588 : en reconnaissance de cette libéralité, il obtint d’être inhumé dans le caveau construit sous l’autel, et son corps y fut en effet déposé le 9 avril 1658. Les ruines réparées, de nouvelles chapelles s’élevèrent ; en 1633, celle des tireurs et des écacheurs d’or et d’argent, sous le vocable de saint Eloy, au bas et à droite du chœur (n° 81) ; en 1641, celle des maîtres et marchands ouvriers en drap d’or, argent et soie, sous le vocable de l’Assomption, du même côté de l’église, mais à l’extrémité de la nef de droite (n° 85).
La grande œuvre de la seconde moitié du xviie siècle fut la construction du portail monumental qui, par la chapelle Saint-Hyacinthe détruite à ce moment, donnait directement accès de la place Confort à l’église : la vue de la place Confort gravée par Née en donne une reproduction très exacte. Commencé en 1657, sur les dessins de Le Pautre, il fut achevé seulement en 1690. Trois sculpteurs y travaillèrent successivement : d’abord Jacques Mimerel, puis Nicolas Bidault (de 1680 à 1684) qui sculpta la Vierge placée dans la niche supérieure ; enfin Guillaume Simon qui exécuta les deux statues, de saint Jean-Baptiste et de saint Dominique, placées de chaque côté du portail.
