Au xe siècle, les Hongrois détruisirent l’abbaye, incendièrent les bâtiments qu’Amblard restaura en 937, et d’abbé d’Ainay devint archevêque de Lyon. Les chartes et les chroniques signalent les abbés Egilbert ou Edelbert ; Austérius ou Astérius qui vivait sous l’archevêque Burchard, vers 980 ; Durand ; Renaud qui fonda le monastère Saint-Romain le Puy, assista à l’élection de Durand, abbé de Savigny, et enfin abdiqua ; Arnould qui fut présent à l’élection de Itier, abbé de Savigny, en 1018, puis démissionna ; Gérard, qui fit un échange de possession avec saint Odilon, abbé de Cluny, en 1022, et hérita d’un terrain à Cleppé ; Adalard, dont l’existence est incertaine ; Girard II, qui souscrit, vers 1055, aux lettres du légat Hildebrand, en faveur du monastère de Saint-Pierre de Vienne, et peu après à une charte concernant Saint-André de Vienne ; Guichard Ier qui assiste au concile d’Anse en 1070, et appuie l’élection de Hugues, abbé de Saint-Rigaud. La liste contient ensuite les noms de Garnier et Humbert Ier, sur lesquels on ne sait rien ; Artaud qui, dit la chronique, restaura le monastère ; Gaucerand ou Joscerand, à qui revient l’honneur d’avoir commencé, vers 1102, la construction de l’église. Celle-ci fut consacrée, le 29 janvier 1107, par le pape Pascal II, de passage à Lyon. Peu après, cet abbé fut élevé à la dignité d’archevêque de Lyon.
