Étant trop faible, il fut refusé comme n’étant pas assez savant, mais qu’il reviendrait se présenter pour être frère ; le lendemain, il m’écrivit de n’en pas parler, et que M. le curé voulait qu’il continuât ses études. » A la maison-mère, logeaient aussi les religieux qui faisaient l’école dans les divers quartiers de Lyon ; après frère Pigménion envoyé, en décembre 1805, à Trévoux, pour y fonder l’école, le Petit-Collège fut dirigé, en 1809, par frère Barthélémy ; en 1813, par frère Guillaume de Jésus, futur supérieur général ; en 1820 par frère Jean-Chrysostome.
D’autre part, l’institut se fortifie et s’étend : de cinq maisons françaises qu’il comptait, en 1803, il passe à huit en 1804 ; onze autres se fondent en 1806, et partout, sauf à Reims, la gratuité des écoles est rétablie. En 1807, six maisons nouvelles sont ouvertes, puis une encore en 1808. Le 17 mars de cette année le décret portant organisation de l’Université de France confirma, par son article 109, l’existence légale et la personnalité civile de l’institut ; c’était en quelque sorte le concordat entre l’État et la congrégation ; ce décret aurait pu faire perdre à l’institut son caractère de congrégation religieuse mais Fontanes, le grand-maître de l’université, interpréta l’article 109 avec assez de largeur d’esprit pour que l’autonomie de la société se maintînt.
Il fallait en effet songer à donner un successeur au défunt frère Frumence, vicaire général de l’institut. Le 24 mars 1810, les frères Barliiélemy, directeur du Petit Collège, Émery, directeur des novices, et Célestin, procureur, demandèrent à Fontanes l’autorisation de procéder, selon les formes canoniques, à l’élection d’un supérieur général. Le 10 mai 1810, Fontanes répondit : « J’autorise la congrégation de Lyon à procéder au remplacement de son supérieur, en se conformant aux formalités prescrites par les statuts des Écoles chrétiennes. » Le 8 juin, parut la lettre de convocation pour le XIIe chapitre général, qui se tiendrait à la maison-mère au mois de septembre suivant. Disons en passant que le visa des statuts fut donné parle conseil de l’université, le août 1810. L’autorisation accordée à l’institut en 1803 et 1808 se trouvait ainsi confirmée et complétée. « Le Petit-Collège eut donc la joie de voir se réunir, en septembre 1810, le premier chapitre général depuis 1787. En la fête de la Nativité de la Sainte-Vierge, frère Gerbaud, directeur de la communauté du Gros-Caillou, à Paris, était élu ; il avait cinquante ans, dont vingt-quatre de profession. »
