Ce sage prélat, avant de terminer ses jours sous l’habit pénitent du moine, à la Chartreuse de Portes, en Bugey, en signant, en 1192, les privilèges et les règlements de la fondation de l’ancien doyen, homme de bonne mémoire, comme il s’exprime, bonæ memoriæ, interprétait certainement ses intentions et prétendait leur assurer la stabilité nécessaire. Le moyen, qu’il jugea le plus propre à son but, fut de rattacher la création naissante à la cathédrale elle-même, de les associer, l’une comme protectrice de l’autre, et de faire de cette tutelle, plus avantageuse que lourde, une garantie de sécurité, de durée et d’honneur. Les prêtres, qui desservaient déjà l’église, probablement à titre provisoire, ceux qui sont désignés avec la mention de premiers chapelains « primi capellani », augmentés en nombre, reçoivent le titre de chanoines et forment désormais une collégiale régulière. Leur chef prendra le nom de prévôt ; les comtes le désignent et le choisissent parmi eux. Comme à Saint-Paul et à Saint-Just, les canonicats sont électifs ; l’archevêque ne se réservera plus tard, pour lui et pour ses successeurs, que la nomination du sacristain-curé, encore celui-ci devra-t-il, avant son entrée en possession, avoir obtenu une des prébendes vacantes. Le chantre forme la seconde dignité ; les autres membres de la compagnie sont à part égale.
Dès cette époque, une juridiction paroissiale est constituée ; elle s’étend sur tout le territoire, occupé par les vignes, dont le trésorier de Saint-Étienne perçoit la dîme ; mais il semble bien qu’elle demeura longtemps sans exercice, faute d’habitants ; l’emplacement ne se peuplera que beaucoup plus tard. Cependant un cimetière est disposé, sur le côté droit de l’édifice, et réservé à tous ceux qui se rattachent au clergé des trois églises : Saint-Jean, Saint-Étienne et Sainte-Croix, aux dignitaires, aux custodes, aux perpétuels, aux familiers.
Afin de cimenter l’union et d’en maintenir les signes extérieurs, le chapitre primatial ira désormais célébrer à Fourvière, avec la même solennité qu’il observait dans son propre chœur, la messe et les vêpres de la fête de saint Thomas ; à son tour, celui de Fourvière descendra pour les solennités de Noël, Pâques, Pentecôte, Nativité et Décollation de saint Jean-Baptiste, Invention de saint Étienne, pour les processions des trois jours des Rogations et du dimanche des Rameaux.
Enfin Jean de Bellesme déclare excepter des biens aliénés, dans lesquels la tour de Collia est comprise, la place où se tient le marché aux bœufs et il a soin de spécifier que, sur tout l’espace cédé, les blocs de marbre enfouis, les pierres dites de Choin, découvertes en creusant le sol, seront mis à part et destinés à continuer la construction de Saint-Jean.
