Très grande, pavée de marbre blanc et noir à carreaux. Au maître-autel, un tableau représentant saint Bernard prêchant la croisade, par Eustache Lesueur.
Six chapelles dans l’église : 1o celle de la Transfguration par Le Moyne ; 2o celle de la Vierge, où il y a une Assomption par M. Pierre ; 3o celle de Saint-Sébastien ; 4o celle de Saint-Benoit ; 5o celle de Saint-Louis ; 6o celle de la Pentecôte. Il y a, dans le milieu de l’église, le tombeau de cuivre de Jean de Nesle et de sa femme Anne d’Entragues, fondateurs du couvent sous Louis VI dit le Gros. Il y a aussi différents tombeaux en marbre de la famille de Mailly.
Elle est aussi pavée de marbre, le siège abbatial couvert d’un tapis de velours violet à franges d’or ; des stalles de bois brun pour les religieuses et six rangs de banquettes pour les pensionnaires. Il y a deux chapelles : l’une dédiée à saint Antoine ; l’autre, à sainte Bathilde. Il y a six grands tableaux dans le chœur représentant toute la vie de la reine Blanche et de saint Louis, peints par Eustache Lesueur. Aux côtés, sont les tombeaux d’Adélaïde de Lannoy, de Julienne de Saint-Simon, de Marie de Mailly, de Louise de Mesmes, de Francoise de Mornay, de Cécile de la Rochefoucauld, d’Adélaïde d’Orléans et de Marie de Richelieu, qui ont gouverné ce monastère.
