C’est ainsi qu’il fut amené à quitter le nord de l’Afrique pour cause… d’antisémitisme.
Pendant son séjour dans la confédération du Touat où l’autorité de sa parole lui avait acquis une influence énorme sur l’Assemblée des Notables, il provoqua la persécution des juifs. Non content de les avoir réduits à l’avilissement en lcur arrachant toute espèce de privilèges, il excita le peuple à les massacrer et à détruire leurs synagogues. Mais le Grand Cadi de la République désapprouva hautement ces violences. Les Oulémas de Fez, de Tunis, de Tlemcen furent consultés sur la question. Il y en eut deux qui donnèrent raison à EI Mouchéïli. L’un rédigea un long mémoire sur la légitimité de l’intolérance et adressa au héros du Touat une épître commençant par ces mots : « Honneur à notre frère, Le zélé docteur qui, dans ces temps de corruption, a trouvé le courage de faire éclater sa foi au grand jour en s’élevant contre les abus et en ramenant les esprits attiédis au sentiment de la vraie religion. Ce sera une gloire pour lui de s’être opposé avec tant d’énergie aux entreprises de la nation juive (que Dieu écrase de son mépris !) Lui seul a eu la constance de tenir tête aux gens que les intérêts mondains rendent sourds à la voix du Prophète. »
Dès que cette lettre lui fut parvenue, El Mouchéïli annonça le triomphe de ses opinions à ses partisans et leur ordonna de démolir la synagogue. Il mit à prix la vie des juifs et paya de sa bourse une prime de sept mitkals (70 fr. environ) par tête. Un massacre s’ensuivit, qui l’obligea à quitter le Touat pour s’enfoncer dans le cœur du Soudan. Il y trouva un refuge et une situation à la cour d’Askia-le-Grand.
Le roi songhoï lui demanda, en sept questions, une consultation juridique sur diverses réformes qui le préoccupaient, telles que la réglementation des transactions commerciales, la répression des fraudes, l’établissement de l’impôt foncier et de la dîme dans les pays nouvellement conquis ; sur la question
