Son administration intérieure était également énergique et judicieuse. Il veillait attentivement à ce que les nègres ne fussent pas injustement traités par les colons, et obligea les propriétaires à donner une plantation de tapioca de cinq cents mètres carrés à chaque nègre employé à leur service. Il encouragea la culture de la canne à sucre, qui, plus tard, devint si importante ; s’opposa au massacre imprévoyant du bétail, et jusqu’à ce que ce produit de l’agriculture fût redevenu abondant, il força les équipages des navires à se contenter de poisson et de tortue pendant leur séjour dans le port.
Quoique, lors de son arrivée, Bourbon fût beaucoup plus avancé en civilisation, il réussit également à y exercer une influence bienfaisante. Il voulait surtout organiser ces îles de manière à les rendre utiles à la mère-patrie, et en faire des stations entre la France et l’Inde. Il fallait pour cela qu’elles fussent fortifiées. Malgré le peu de ressources dont il disposait pour de pareils travaux, La Bourdonnais avait réussi, au bout de cinq ans, à créer des ouvrages dont la puissance ne laissait que peu de chances de succès aux attaques de l’ennemi.
En 1740, La Bourdonnais revint en France ; à son arrivée il apprit que des plaintes portées contre lui l’avaient précédé. Le cardinal Fleury était encore ministre : économiste timide, à vues étroites, Fleury n’avait qu’un principe en fait de politique extérieure, c’était le maintien à tout prix de la paix, surtout de la paix avec l’Angleterre. La crainte de causer de l’ombrage à cette puissance et ses habitudes d’économie, le conduisirent à laisser dépérir la marine, à négliger l’armée et à ne donner aucun encouragement au commerce. Un homme de cette nature ne pouvait sympathiser avec la bouillante énergie de M. de La Bourdonnais, avec son esprit fertile et son désir sans bornes de développer la grandeur de la France. Aussi, quand quelques spéculateurs sans foi et des capitaines dont il avait dû restreindre les déprédations et les gains illicites, présentèrent au ministre et aux Directeurs de la Compagnie une longue liste de leurs griefs en y joignant, selon l’habitude des gens de cette sorte, de perfides insinuations contre la probité et le désintéressement de La Bourdonnais, l’esprit étroit ilu cardinal ne
