Xavier se rend alors à Hirado avec ses deux compagnons. Là, la conquête est plus facile. Autorisé par le Daimyo de cette ville, il fait, en moins de vingt jours, un grand nombre de conversions, et ce nombre ne cessa plus de s’accroître.
Encouragé par ce succès, il part pour la capitale, alors Myako ou Kyôto, dans le dessein de frapper au cœur le paganisme. Ce voyage lui est fort pénible, et de plus, à Myako, on lui refuse l’audience impériale qu’il était venu solliciter. Il doit donc revenir à Hirado. En route, il s’arrête à Yamaguchi, où le Daimyo lui permet de répandre le christianisme dans son territoire. Alors son apostolat obtint un plein succès : au bout d’un an il a converti près de 3 000 personnes.
Sur ces entrefaites, Xavier apprend qu’il a été nommé supérieur de la province des Indes, fondée récemment par saint Ignace. Le saint apôtre dut donc quitter cette terre du Japon, qu’il appelait « les délices de son cœur ».
Cependant, la semence jetée en terre allait porter une abondante moisson. Les frères de la Compagnie qu’il laissait après lui, ainsi que les missionnaires qui vinrent par la suite, continuèrent dignement son œuvre et virent leur apostolat couronné de succès.
Appelés par saint François-Xavier, de nombreux missionnaires ne tardèrent pas à arriver au Japon. En 1613, la Compagnie de Jésus comptait cent trente membres, dont la moitié étaient prêtres. Il vint aussi d’autres ouvriers apostoliques, tels que les Franciscains, les Dominicains et les Augustins, ainsi que quelques prêtres séculiers.
Tous ces apôtres, animés du même zèle, travaillaient avec activité à étendre de plus en plus sur cette terre le
