contre Philippe le Bel, les confédérés se réunirent secrètement à Besançon pour se concerter sur leurs intérêts communs. En apprenant que la ville était un foyer d'intrigues contre lui, le roi de France résolut de s'en emparer, et il y réussit, à l'aide d'intelligences qu'il se ménagea parmi les habitants.
Jean d'Arlay, du consentement de Philippe le Bel, se fit conférer par son frère Hugues, alors archevêque, le titre et les fonctions de vicomte, qu'il exerça avec dureté. Maître absolu à Besançon à l'époque de sa guerre contre Eudes, duc de Bourgogne, il fit de la ville sa principale place d'armes; l'alliance de ce seigneur fut fatale aux Bisontins.
Eudes, étant entré en Franche-Comté en 1306, avec 9,000 hommes, vint camper non loin de Besançon. Impatients de voir leur territoire dévasté par les Bourguignons, les bourgeois firent une sortie générale; mais, attaqués à la fois en flanc et de front, ils se débandèrent et, après avoir fait des prodiges de valeur, regagnèrent en désordre la ville. L'élite de la jeunesse périt dans cette bataille, qu'on appela, du nom du lieu où elle avait été livrée, l' effroi de la Malcombe.
Peu de temps après, grâce à l'intervention de Philippe de Valois, Jean d'Arlay et Eudes firent la paix.
Pendant les vingt années qui suivirent, tous les malheurs fondirent à la fois sur Besançon. En 1348, la fièvre noire causa d'horribles ravages dans la ville
