Raeder reçut les ordres et les nombreux contre-ordres concernant l’attaque à l’Ouest. Le 18 mars 1941, lors d’une réunion à laquelle assistait Hitler, il conseilla avec insistance d’occuper toute la Grèce. Il prétend que, d’une part, il fit cette recommandation seulement après que les Britanniques eurent débarqué et que Hitler eut ordonné l’attaque et que, d’autre part, la Marine elle-même ne s’intéressait pas à la Grèce. Il reçut aussi l’ordre de Hitler concernant la Yougoslavie.
Raeder s’efforça de dissuader Hitler d’entreprendre l’invasion de l’URSS et l’incita en septembre 1940, à adopter plutôt une politique d’agression en Méditerranée. Le 14 novembre, il conseilla d’activer la guerre contre l’Angleterre, l’« ennemie principale », et affirma que la construction de la flotte sous-marine et de l’aviation navale devait être poursuivie. D’après les notes de l’État-Major naval de guerre allemand, il souleva des « objections sérieuses contre une campagne de Russie entreprise avant la défaite de l’Angleterre ». Il affirme aujourd’hui que ses objections étaient fondées sur le désir de ne pas violer le Pacte de non-agression, aussi bien que sur des considérations stratégiques. Mais une fois que la décision eut été prise, il donna, six jours avant l’invasion de l’Union Soviétique, l’autorisation d’attaquer les sous-marins russes dans la mer Baltique, dans les limites d’une zone déterminée. Il excuse cette attitude en alléguant que ces sous-marins se livraient à des opérations de reconnaissance. Il s’ensuit que Raeder a participé à la préparation et à la conduite de guerres d’agression.
Raeder est accusé aussi de crimes de guerre commis en haute mer. L’Athenia, paquebot britannique non armé, fut coulé, le 3 septembre 1939, au cours de sa traversée vers l’Amérique. Deux mois plus tard, les Allemands prétendirent que M. Churchill avait délibérément coulé l’Athenia pour exciter l’hostilité des Américains à l’égard de l’Allemagne. En fait, ce paquebot fut torpillé par le sous-marin allemand U-30. Raeder prétend qu’un commandant de sous-marin inexpérimenté l’avait coulé par erreur, croyant avoir affaire à un navire de commerce armé et que l’on apprit la vérité seulement au retour de l’U-30, plusieurs semaines après que le démenti allemand eut été donné. Hitler ordonna alors à la Marine et au ministère des Affaires étrangères de continuer à nier le fait. Raeder affirme que pour sa part, il n’a pas eu connaissance de la campagne de propagande menée contre M. Churchill.
L’accusation la plus grave qui pèse sur Raeder est celle d’avoir mené une guerre sous-marine totale, comprenant le torpillage des navires marchands désarmés alliés et neutres, l’abandon des survivants et leur mitraillage, en violation du Protocole de Londres de 1936.
