Compiègne. « Le prince, dit le digne abbé Le Bœuf, l’appelait son maître lorsqu’il voulait lui parler familièrement ; mais il lui fit aussi quelquefois des reproches, par exemple sur sa trop grande frugalité, en ce que pouvant faire bonne chère, il se contentait souvent de manger des langues de bœuf. »
Quelques années après, l’évêché d’Auxerre étant venu à vaquer par la mort du cardinal de la Bourdaisière « Charles IX, qui désirait ardemment l’avancement de son maître, (c’est le nom qu’il lui donnait toujours), » voulut que Jacques Amyot lui succédât. Celui-ci, ayant reçu les bulles de Rome, se fit sacrer et, avec l’assentiment du roi, partit bientôt après pour Auxerre où il arriva au mois de mai 1571.
Amyot était alors âgé de cinquante-huit ans ; il avouait lui-même qu’il n’était ni théologien ni prédicateur, n’ayant presque étudié que des auteurs profanes. Mais il les laissa dès lors pour s’occuper assiduement de la lecture de l’Écriture Sainte et de celle des pères grecs et latins. La Somme de Saint Thomas d’Aquin lui devint si familière qu’il la possédait presque en entier. Il hésita longtemps à monter en chaire « parce qu’il se défiait beaucoup de ses forces et que la faiblesse de sa voix lui inspirait peu de courage », cependant malgré ses craintes, il réussit parfaitement au gré de ses auditeurs « et prêcha dans un style si clair et si châtié et en même temps si enrichi de sentences, que les savants sortaient de la prédication bien plus éclairés qu’ils n’y étaient arrivés et les ignorants n’en revenaient point sans être instruits de leurs devoirs et rendus meilleurs qu’auparavant. »
