Que renfermait donc cet Ouvrage pour lui valoir tout de suite tant et de si grands éloges Paul Bert nous l’a fort bien expliqué « C’est que, pour la première fois, étaient tracées, et tracées de main de tnaître, les règles de la méthode expérimentale appliquées aux recherches exécutées sur les êtres vivants ;… étaient signalés, dévoilés avec la sagacité d’un pilote qui les a su tous éviter, les écueils que rencontre, innombrables et secrets, sur sa route le physiologiste expérimentateur, C’est que, pour la première fois, se développait avec ampleur la critique expérimentale. qui cherche moins les erreurs que les causes des erreurs et qui sert à l’éducation scientifique presque autant que la découverte de la vérité. C’est que, pour la première fois, la certitude de l’identité dans les résultats quand les conditions des phénomènes sont identiques, cette certitude sans laquelle il n’y a pas de science, était affirmée, démontrée par une discussion qai est restée comme un modèle et étayée de preuves presque toutes empruntées à ses propres découvertes, en telle sorte que cette dissertation prenait l’intérêt palpitant d’une autobiographie. À cette certitude il donnait même un nom, qui a fait fortune, il l’appelait le détermmisme. Et avec quel art merveilleux il montre les conditions du doute scientifique, l’utilité et le danger des théories, le rôle de l’observation et de l’expérimentation dans les sciences biologiques, l’importance, la nécessité de l’intuition, du sentiment intérieur, de l’hypothèse, pour engendrer l’idée expérimentale. »
Par le principe du déterminisme, formulé ici tout d’abord, auquel il revenait sans cesse par la suite, le considérant comme la loi suprême de l’Univers, qui est la base même de sa doctrine et de toute sa vie scientifique, il a définitivement chassé du domaine de la Physiologie la force vitale, la cause finale, le caprice de la nature vivante, et lui a fait prendre place à côté de la Physique et de la Chimie parmi les sciences expérimentales, où ce principe est évident. Aussi l’illustre chimiste Dumas a-t-il pu dire que, grâce à lui « les phénomènes physiques de la vie n’ont plus d’inaccessibles secrets ».
