Parmi ses auxiliaires, quelques-uns avaient peine à se plier à sa direction ; ils adressèrent des plaintes à Rome. Le P. De Smet avait conscience de ne point mériter leurs reproches ; toujours il avait montré un esprit conciliant, et fait tous les sacrifices possibles au maintien de la paix. Il n’eut pas de peine à faire comprendre au P. Général de quel côté étaient les torts. Au printemps de 1848, le P. Roothaan chargeait le P. Elet d’assurer l’ancien supérieur de l’Orégon a qu’il lui rendait toute sa confiance ».
Ce n’était qu’un court répit. Dans une lettre du 17 février 1849, le P. Roothaan fit part au P. De Smet du reproche qu’on lui adressait d’avoir eu peu de souci de la pauvreté religieuse, agissant comme si le maniement de l’argent eût été laissé à sa fantaisie.
Ne croyant plus, dès lors, pouvoir exercer la charge de procureur général, le P. De Smet va trouver le P. Elet. Il le conjure, les larmes aux yeux, de lui ôter une intendance dont il est jugé indigne, et dont le fardeau, désormais, lui semblera plus que doublé.
Toutefois il croit aussi devoir répondre aux imputations qui atteignent son honneur de religieux. Il envoie au P. Général le compte-rendu de son administration depuis 1840, époque où lui fut confié l’argent des missions. Ce compte, il l’a plusieurs fois soumis au contrôle du P. Van de Velde et du P. Elet. S’il y a eu de folles dépenses, voire des dettes contractées, c’est que « l’on n’a tenu compte ni de ses avis, ni de ses ordres ».
« Pour ce qui regarde ma personne, dit-il, à part le modique salaire payé à mon guide, j’ai fait trois fois le voyage des Montagnes-Rocheuses jusqu’à Saint-Louis sans dépenser une seule piastre. L’année dernière, dans
