Hideyoshi, traitèrent d’abord le christianisme et le commerce avec une grande faveur ; brusquement, en 1597, le christianisme fut proscrit et tout trafic prohibé. Voici ce qui avait amené cette soudaine volte-face. Un médecin boudhiste de la Cour, nommé Toqum, avait adressé au shogun Hideyoshi un rapport où il était dit que le prétexte de sauver les âmes dissimulait l’intention de conquérir le Japon, Peu après, en faisant la guerre au daïmyo de Satzuma, Hideyoshi s’aperçut que beaucoup de seigneurs avec leurs vassaux étant devenus chrétiens vivaient très unis et paraissaient dévoués aux missionnaires. Il pensa que la propagation de cette nouvelle religion pouvait porter atteinte à la sécurité de l’Empire. Néanmoins, en raison des avantages qu’il trouvait dans le trafic avec les Portugais, il ferma momentanément les yeux sur la présence dans ses Etats de 130 ou 140 jésuites.
Un fait grave se produisit alors. Une bulle du Pape promulguée en 1583 avait attribué aux Jésuites les missions au Japon et, dans le Concordat intervenu entre l’Espagne et le Portugal, le commerce était confié à celui-ci. En 1593, les intrigues d’un trafiquant japonais qui voulait s’introduire dans le commerce des Philippines, possessions espagnoles, provoquèrent l’envoi à Manille de quatre moines franciscains, non comme missionnaires, mais comme ambassadeurs. Ils ne furent reçus que sur leur promesse de ne faire aucun acte de prosélytisme. Cet engagement fut violé, et le shogun Hideyoshi allait expulser ces soi-disant ambassadeurs, lorsque son attention fut frappée par un incident resté célèbre. Un galion espagnol, le San-Felice, s’était mis à la côte et sa cargaison de 600 mille couronnes en argent avait été confisquée. En l’absence du capitaine, le pilote essaya d’intimider les autorités japonaises. Déployant devant elles une carte du monde, il montra la vaste étendue des possessions espagnoles, et comme on lui demandait par quels moyens un seul souverain était arrivé à se rendre maître d’autant de pays, il répondit : « Nos rois commencent par envoyer, dans les contrées qu’ils veulent conquérir, des prêtres qui engagent le peuple à embrasser notre religion, et quand ils ont fait de grands progrès, des troupes sont envoyées pour combiner leur action avec les nouveaux chrétiens. Alors il ne reste que peu de chose à faire pour terminer. »
Rapporté à Hideyoshi, ce propos eut un résultat immédiat.
