Cependant il ne tarda pas à pénétrer une partie du secret. Le choix des livres réunis pour la Commission des sciences, lui révéla ce qu’on taisait encore à tous. Et lorsqu’en avril 1798, il quitta Paris avec son collègue Savigny, son frère Marc-Antoine Geoffroy, alors capitaine du génie, et le peintre Redouté, il s’était également préparé à l’exploration scientifique de la Syrie et à celle de l’Égypte.
L’histoire conservera à jamais le souvenir de la journée où Toulon vit sortir de sa rade l’immense escadre, commandée par l’amiral Brueys. Deux mois avaient suffi pour réunir autour du jeune vainqueur de l’Italie trente-six mille soldats, dix mille marins français et italiens, des littérateurs, des artistes, des savants, Monge, Fourier, Malus, Berthollet, Dolomieu, Geoffroy Saint-Hilaire, Larrey et tant d’autres, les uns déjà illustres, les autres appelés à le devenir. Ils partirent le 19 mai 1798, tous pleins d’enthousiasme et de patriotiques espérances.
Geoffroy Saint-Hilaire était, avec son frère, à bord de la frégate l’Alceste, où se trouvaient aussi
son bel éloge de Fourier, avec les chances d’un combat naval, avec les pontons anglais en perspective, allez aujourd’hui essayer d’enrôler un savant déjà connu par des travaux utiles et placé dans quelque poste honorable, un artiste en possession de l’estime et de la confiance publiques ; et je me trompe fort si vous recueillez autre chose que des refus. »
