Fontenay, qui souffre des ravages causés par les guerres de religion, principalement en 1567. Ce fut surtout l’établissement du régime de la Commende, en 1557, qui en fut une des principales causes. On conçoit que l’administration de ces abbés, nommés par la faveur royale, souvent très jeunes, avec des habitudes de luxe et l’intempérance, ne résidant même pas au monastère, dont ils dépensaient les revenus à leur guise, n’était pas de nature à maintenir la fortune de l’abbaye et l’observance de la règle cénobitique. Aussi la dissolution, le relâchement et les ruines matérielles font pressentir la déchéance prochaine et irrémédiable du monastère menaçant de compromettre définitivement la vitalité de Fontenay.
Dès le milieu du xviiie siècle, certains bâtiments de l’abbaye avaient considérablement souffert, non seulement des dégradations et des attaques à main armée, mais aussi de l’humidité provenant du ruisseau Saint Bernard, dont les eaux s’infiltraient dans le sol de l’église et pourrissaient les boiseries à tel point que
