Faisant en public l’autopsie du cadavre d’un gentilhomme, le cœur parut palpiter sous le tranchant du scalpel. La rancunière Inquisition, l’accusant d’homicide, demanda la mort du savant, et Philippe II obtint très difficilement que la peine fût commuée en un pèlerinage en terre sainte. Vésalius s’achemina vers la Palestine avec Malatesta, chef des troupes vénitiennes.
Après avoir bravé bien des dangers dans ce scabreux voyage, il fut à son retour jeté par la tempête sur les côtes de Zante, où il mourut de faim, le 15 octobre 1564.
La République de Venise l’appelait alors à l’université de Padoue, veuve prématurément cette même année, de Gabriel Falloppe, son élève.
S’il faut en croire Bœrhave et Albinus, Andréa Vésalius périt victime de ses éternelles goguenarderies sur l’ignorance, le costume et les mœurs des moines espagnols, et de l’Inquisition,