Les travaux d’administration vont, pour un long temps, le retenir tout entier. Son intelligence n’avait pas laissé que de le pousser rapidement dans cette carrière. La mission qu’il reçut, en 1806, de reconnaître la situation forestière de la Prusse, prouve l’estime qu’on faisait de ses connaissances variées.
Lorsque Napoléon visita Anvers et les ports de la Hollande, il fut donné à M. Le Gonidec de le voir de bien près. Admis chaque jour, comme secrétaire de l’inspecteur général, dans le cabinet de l’Empereur, il conserva de son génie, mais sans plus s’engager, une vive admiration.
En 1812, il porte à Hambourg le titre de chef de l’administration forestière au delà du Rhin. Dans cette place élevée, où tant d’autres eussent trouvé la fortune, il ne prouva, lui, que son désintéressement. Bien plus, son père venant à mourir insolvable, il contracta des dettes pour payer celles de ce père qui, dès l’enfance, l’avait abandonné. Arrivent les désastres de Moscou. Les Français évacuent Hambourg ; le dernier à quitter son poste, Le Gonidec y perd ses meubles, ses livres, ses manuscrits. En vain espère-t-il dans l’ancienne dynastie qu’il avait autrefois si vaillamment servie : la perle de son brevet d’officier annule tous ses services militaires. Une réduction s’opère même dans son administration, et, tour à tour, le conduit à Nantes, à Moulins, à Angoulème, et toujours avec un grade et des appointements inférieurs. Ici l’étude revient le consoler.
