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— Les groupes d’espèces, au point de vue de leur apparition et de leur disparition, obéissent aux mêmes règles générales que les espèces isolées. — Extinction. — Changements simultanés des formes organiques dans le monde entier. — Affinités des espèces éteintes soit entre elles, soit avec les espèces vivantes. — État de développement des formes anciennes. — Succession des mêmes types dans les mêmes zones. — Résumé de ce chapitre et du chapitre précédent. 
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Les différences dans les conditions physiques ne suffisent pas pour expliquer la distribution géographique actuelle. — Importance des barrières. — Affinités entre les productions d’un même continent. — Centres de création. — Dispersion provenant de modifications dans le climat, dans le niveau du sol et d’autres moyens accidentels. — Dispersion pendant la période glaciaire. — Périodes glaciaires alternantes dans l’hémisphère boréal et dans l’hémisphère austral. 
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Distribution des productions d’eau douce. — Sur les productions des îles océaniques. — Absence de batraciens et de mammifères terrestres. — Sur les rapports entre les habitants des îles et ceux du continent le plus voisin. — Sur la colonisation provenant de la source la plus rapprochée avec modifications ultérieures. — Résumé de ce chapitre et du chapitre précédent. 
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Classification ; groupes subordonnés à d’autres groupes. — Système naturel. — Les lois et les difficultés de la classification, expliquées par la théorie de la descendance avec modifications. — Classification des variétés. — Emploi de la généalogie dans la classification. — Caractères analogiques ou d’adaptation. — Affinités générales, complexes et divergentes. — L’extinction sépare et définit les groupes. — Morphologie, entre les membres d’une même classe et entre les parties d’un même individu. — Embryologie ; ses lois expliquées par des variations qui ne surgissent pas à un âge précoce et qui sont héréditaires à un âge correspondant. — Organes rudimentaires ; explication de leur origine. — Résumé. 
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Récapitulation des objections élevées contre la théorie de la sélection naturelle. — Récapitulation des faits généraux et particuliers qui lui sont favorables. — Causes de la croyance générale à l’immutabilité des espèces. — Jusqu’à quel point on peut étendre la théorie de la sélection naturelle. — Effets de son adoption sur l’étude de l’histoire naturelle. — Dernières remarques. 
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Glossaire des principaux termes scientifiques employés dans le présent volume. 
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