Persistant dans sa rébellion, une lettre de cachet fut obtenue pour le faire repasser en France ; mais inutilement. Il fallut l’interdire en 1661, et toute résistance cessa dès-lors. Le gouvernement de l’Église passa après cela tranquillement des mains des Jésuites dans celles du clergé séculier (1659). L’évêque se mit aussitôt en frais d’organiser son clergé et de pourvoir à la desserte des cures et des missions qui manquaient de pasteurs.
Les cures étaient encore trop petites et trop pauvres pour subvenir à leurs dépenses ; il fallut chercher ailleurs de quoi fournir à la subsistance des ministres ; le roi voulut bien y contribuer lui-même. Lorsque M. de Pétrée passa en France à l’occasion de ses difficultés avec le baron d’Avaugour, il obtint de sa Majesté, afin de faire face aux demandes croissantes de la jeune Église, la permission d’ériger un séminaire à Québec pour y former des ecclésiastiques, et d’y affecter pour toujours toutes les dîmes de quelque nature qu’elles fussent, tant de ce qui nait par le travail des hommes que de ce que la terre produit d’elle-même, dans toutes les circonscriptions paroissiales du pays, à condition qu’il pourvoirait à la subvention des prêtres nommés pour les desservir, lesquels seraient toujours amovibles et révocables au gré des évêques et du séminaire.
