Les choses étaient ainsi lorsque, vers la fin du Second Empire, un vif mouvement de réforme se dessina. De jeunes Français avaient visité l’Allemagne ; ils avaient été frappés de la supériorité de son organisation universitaire sur le système napoléonien des Facultés et des Écoles spéciales. Certes la France, avec une organisation défectueuse, avait produit beaucoup d’hommes et beaucoup d’œuvres, mais on en était arrivé à penser qu’« en toutes sortes d’entreprises on doit laisser au hasard la moindre part », et que, « quand une institution entend former des professeurs d’histoire et des historiens, elle doit leur fournir les moyens de devenir ce qu’elle veut qu’ils soient ».
M. V. Duruy, ministre de l’instruction publique, appuyait les partisans d’une renaissance des hautes études. Mais il considéra comme impraticable de toucher, soit pour les remodeler, soit pour les fusionner, soit pour les supprimer, aux établissements existants : Collège de France, Facultés des Lettres, École normale supérieure, École des chartes, tous consacrés par des services rendus, par l’illustration personnelle d’hommes qui leur avaient appartenu ou qui leur appartenaient. Il ne modifia rien, il ajouta. Il couronna l’édifice un peu disparate qui existait en créant une « École pratique des hautes études », qui fut établie en Sorbonne (1868).
L’École pratique des hautes études (section d’histoire et de philologie) avait pour raison d’être, dans la pensée de ceux qui la créèrent, de préparer des jeunes gens à faire des recherches originales d’un caractère scientifique. Pas de préoccupations professionnelles, pas de vulgarisation. On n’y viendrait pas pour s’informer des résultats de la science, mais, comme l’étudiant en chimie vient dans un laboratoire, pour
