Jules II posa la première pierre de Saint-Pierre de Rome, le 18 avril 1506, sur l’emplacement de l’église bâtie par Constantin.
Les guerres continuelles et les excommunications du pape contre les Vénitiens, les Français, les Florentins, durèrent pendant tout son pontificat. Après avoir régné à cheval et le casque en tête, il mourut le 11 mars 1513. Julien de Médicis lui succéda sous le nom de Léon X.
En 1515, le pape et le roi de France François Ier signèrent le Concordat qui remit au roi le droit de nommer aux bénéfices de France et de Dauphiné. En 1516, Léon X publia les indulgences plénières qu’il fit vendre partout à l’exemple d’Urbain VI. Le dominicain Jean Tezel, inquisiteur de la foi, fut chargé de ce commerce en Allemagne. Il avertissait les fidèles qu’il avait le pouvoir de remettre les péchés, même de celui qui aurait violé la sainte Vierge et qui l’aurait rendue grosse. Si quis Virginem matrem vitiasset ac gravidam fecisset.
Le pape donna la Saxe à exploiter à sa sœur Madeleine, femme de Franceschetto Cibo, fils d’Innocent VIII, et Madeleine chargea de ses recouvrements un évêque nommé Arcemboldi. Ce fut alors que le moine augustin Martin Luther se mit à prêcher contre les indulgences. Il fut cité à Rome en 1518, mais il refusa de s’y rendre et en appela au futur Concile. Une année après, un cordelier vint prêcher le jubilé en Suisse. Il disait : « Apportez-moi de l’argent et vous serez sauvés. Il y a plusieurs places dans le ciel ; celui qui donnera le plus sera le mieux placé. »
