A Annecy, à Chambéry, aux Charmettes, il pratique sa nouvelle religion. Il y connaît des prêtres ou des religieux, qu’il déclare avoir été excellents pour lui. Après l’accident de laboratoire qui faillit lui coûter les yeux, il écrit son testament avec tous les termes et formules de la piété catholique, et il fait de petits legs à des religieuses, à des capucins, à d’autres moines. Lorsque madame de Warens entreprend de faire béatifier M. de Bernex, l’ancien évêque d’Annecy, Jean-Jacques atteste par écrit un miracle de ce bon évêque (il s’agit d’un incendie éteint par les prières de l’évêque et de madame de Warens !) — « Alors sincèrement catholique, dit Jean-Jacques, j’étais de bonne foi. » Il commence ainsi le récit d’une promenade avec « maman » :
Nous partîmes ensemble et seuls de bon matin, après la messe qu’un carme était venu nous dire dans une chapelle attenante à la maison.
Il écrit dans le même livre VI :
Les écrits de Port-Royal et de l’Oratoire, étant ceux que je lisais le plus fréquemment, m’avaient rendu demi-janséniste.
Il avait la terreur de l’enfer :
Mais mon confesseur qui était aussi celui de maman, contribua à me maintenir dans une bonne assiette.
Et, parlant du Père Hémet et du Père Coppier :
Leurs visites me faisaient grand bien : que Dieu veuille le rendre à leurs âmes !
