Le 15 septembre, le 2e bataillon, mis de même à la disposition de la 5e armée, est enlevé en chemin de fer et dirigé sur Noisy-le-Sec, il est définitivement séparé du Régiment.
Le lendemain le reste du 13e Territorial (État-Major et 3e bataillon) est amené par voie ferrée à Longpont, où demeure l’État-Major ; le 3e bataillon cantonne à Villers-Hélon, à la disposition du service des étapes de la 6e armée.
À partir, de ce moment, le 13e Territorial fournit les multiples services qui incombent aux troupes de l’arrière : gardes de tous genres, escortes de prisonniers ou de matériel, installation de terrains d’aviation, etc. Peu-à peu ses éléments les plus jeunes sont envoyés au dépôt d’où ils vont renforcer les régiments du front et sont remplacés par des éléments plus âgés.
Le 11 février 1916, l’État-Major et la Compagnie hors rang sont dissous ; le 1er bataillon (capitaine Giraud) et le 3e bataillon (commandant Fouillade) sont bataillons d’étapes. Ils continuent à appartenir à la 6e armée et à faire de multiples corvées et travaux à l’arrière du front entre Meaux et Amiens.
Le 8 novembre 1917, le 3e bataillon est dissous : les 400 hommes qui lui restent sont répartis entre le 1er bataillon du régiment et le 3e bataillon du 76e Territorial.
