Plus tard, on s’occupa de la chapelle dont la construction fut confiée à l’architecte Étienne Martellange. Pour en donner une description, nous résumerons les pages si documentées écrites par M. Charvet qui a minutieusement étudié l’histoire du collège de la Trinité. Le grand autel était élevé en août 1622, et sa dorure fut achevée le 17 octobre ; il a été refait au milieu du xviiie siècle par Delamonce. Cette époque est probablement celle de l’inauguration de l’église, puisque saint François de Sales y prêcha le 4 décembre. À cette occasion, Mme de Blonay, supérieure du couvent de la Visitation, dans lequel l’évêque de Genève logeait lorsqu’il séjournait à Lyon, lui avait fait préparer un carrosse ; le prélat le refusa en disant : « Il me ferait beau veoir aller en carrosse prêcher la pénitence de saint Jean et la pauvreté évangélique. »
« Les orgues, exécutées en 1623, furent fournies pour le prix de 1350 livres par Simon du Pré. Les retables des chapelles paraissent avoir été, pour la plupart, ordonnés d’après un modèle uniforme par un nommé Beauregard ; nous ne pouvons affirmer si les détails historiques se rapportent exactement à ceux qui subsistent. Martellange avait projeté six chapelles, trois à droite et trois à gauche. Au centre, en correspondance avec l’entrée latérale de l’église sur le collège, était une sortie sur la rue Neuve, ces deux issues occupant chacune une chapelle. Les autels étaient placés, selon l’usage ancien, non contre le mur latéral de l’église, mais contre les murs séparatifs du côté de l’orient. Cette disposition dut être changée lors de l’embellissement de l’église, au xviiie siècle, et il est fort possible que, dans ce remaniement, quelques retables aient été transportés d’une chapelle à une autre, circonstance qui rend très difficile la coordination des vocables et descriptions du xviie siècle, avec ceux du siècle suivant et avec l’état actuel.
