Le lendemain Bonaparte, premier Consul, approuva la décision qui, transmise à Rome, fut reçue par Mgr Fesch ; celui-ci obtint de suite le consentement du Saint-Siège.
On a vu qu’en 1803, la ville de Lyon avait déjà appelé quelques frères. Le 21 octobre frère Pigménion, avec sa communauté et deux de ses classes, prit possession de l’immeuble prêté par la ville : c’était l’ancien collège Notre-Dame de Bon-Secours, construit par les Jésuites au xviie siècle et dirigé par eux jusqu’à leur dispersion, en 1762. Spoliée, la maison vint aux mains de l’État. Par arrêté consulaire du 3 juin 1803 la ville de Lyon en avait obtenu la cession, ainsi que de l’ancien couvent des Jacobins, pour y organiser une école secondaire. Les bâtiments claustraux des Jacobins ayant suffi à l’installation de cette école, le petit Collège fut concédé aux sœurs Saint-Charles, elles aussi réinstallées.
Mais tel fut bientôt leur nombre, qu’elles sollicitèrent et obtinrent de la municipalité lyonnaise un immeuble plus vaste. Le Petit-Collège, devenu libre, fut affecté aux écoles des Frères : « 1° pour que le supérieur général réside dans la maison principale des Frères des Écoles chrétiennes, à Lyon ; 2° pour que ledit supérieur reçoive dans la maison des élèves instituteurs ou des postulants. »
Dès que l’arrivée à Lyon du vicaire général fut connue, les anciens frères demandèrent à rentrer dans la congrégation. La maison-mère, où vingt-huit personnes habitaient déjà, quelques jours après l’installation, allait voir ce nombre croître notablement dès le mois de janvier 1803. Et dans les autres communautés, Villefranche, Valence, Chartres, Paris, les anciens religieux vinrent réclamer une place.
Le mois d’avril 1803 fut marqué, pour le Petit-Collège, par l’événement le plus considérable de son histoire. Pie VII, de retour de Paris, arriva à Lyon, le 16 avril 1805. Sa Sainteté daigna visiter la maison-mère des Écoles chrétiennes et le surlendemain bénir la chapelle. Autour de frère Frumence s’étaient groupés les principaux membres de l’Institut, encore en habits civils. Plusieurs avaient été mandés de Reims et de Toulouse. La bénédiction du pape fut le soleil bienfaisant qui fit mûrir les fruits du nouvel arbre.
Dans l’organisation de la maison-mère la sollicitude du supérieur alla d’abord au noviciat. Parce que l’institut se reconstituait dans la fidélité à sa mission, Dieu lui envoyait des vocations de choix, qui s’épanouissaient sous la direction de frère Emery. En 1805, se formait à la vie religieuse, au Petit-Collège, frère Anaclet, futur supérieur général, en 1809 frère Boniface nommé plus tard Philippe , supérieur général d’impérissable mémoire. En 1814 le bienheureux Vianney songeait à demander son admission. Voici, à ce sujet, ce qu’écrivait frère Gérard : « M. Vianney, étudiant ecclésiastique chez M. Balay, curé d’Écully, vint au séminaire de Lyon pour l’examen d’admission aux saints ordres.
