En proposant une conception corpusculaire de la chimie, Boyle n’a jamais prétendu rompre complètement avec le passé ; des doctrines d’autrefois, de celles qui s’accordent avec les faits, il a conservé au moins la partie qui correspondait aux phénomènes, dont il a toutefois considérablement modifié la forme.
Ailleurs, il expose amplement le point de vue que le chimiste sceptique n’avait fait qu’indiquer ; après avoir brièvement répété les difficultés et contradictions de tout ordre où sont acculés les péripatéticiens et les spagyristes, il développe pour quelles raisons des hypothèses mécanistes lui semblent préférables.
les quatre éléments d’Aristote et les trois principes de Paracelse, pour adopter la métaphysique de Van Helmont qui dérivait toutes les substances corporelles des altérations de l’eau, il tente pourtant de montrer que tous les chercheurs ont entrevu une partie de la vérité. En particulier, la philosophie corpusculaire de Boyle lui semble être un prolongement de la physique de Van Helmont. Écoutons-le : « Les modernes prétendent que les corps simples de la chimie ne sont pas les premiers ni les derniers principes ou éléments, mais qu’ils sont eux-mêmes composés de l’eau, et qu’ils sont enfin dissous en eau immédiatement ou médiatement pour l’ordinaire ; par exemple les végétaux naissent immédiatement de l’eau et en sont nourris. Les animaux sont formés des végétaux immédiatement, et médiatement de l’eau. Les animaux retournent médiatement et les végétaux immédiatement en eau, laquelle seule ne peut être changée en rien qui lui soit antérieur ou postérieur. L’hypothèse des corps formés de l’eau par le mouvement est confirmée spécialement par l’analyse, ou la dernière réduction des corps en eau, même de ceux qui lui sont très opposés, par exemple la graisse des animaux et l’huile des végétaux ont des qualités entièrement contraires à l’eau ; si néanmoins on les expose souvent à l’air, elles se changent en eau totalement ou en partie par le
