L’idée de Zarathoustra remonte chez Nietzsche aux premières années de son séjour à Bâle. On en retrouve des indices dans les notes datant de 1871 et 1872. Mais, pour la conception fondamentale de l’œuvre Nietzsche, lui-même indique l’époque d’une villégiature dans l’Engadine en août 1881, où lui vint, pendant une marche à travers la forêt, au bord du lac de Silvaplana, comme « un premier éclair de la pensée de Zarathoustra », la pensée de l’éternel devenir et de l’éternel retour des choses. Il en prit note le même jour en ajoutant la remarque : « Au commencement du mois d’août 1881 à Sils Maria, 6000 pieds au-dessus du niveau de la mer et, bien plus haut encore, au-dessus de toutes les choses humaines » (Note conservée). Depuis ce moment cette idée se développa en lui : ses carnets de notes et ses manuscrits des années 1881 et 1882 en portent de nombreuses traces et La gaya scienza qu’il rédigeait alors contient cent indices de l’approche de quelque chose d’incomparable ». Le volume mentionne même déjà (dans l’aphorisme 341) la pensée de l’éternel retour des choses, et, à la fin de sa quatrième partie (dans l’aphorisme 342, qui dans la première édition qui terminait l’ouvrage), « faisait luire, comme le dit Nietzsche lui-même, la beauté diamantine des premières paroles de Zarathoustra ».
La première partie fut écrite dans « la baie riante et silencieuse » de Rapallo près de Gênes, où Nietzsche passa les mois de janvier et février 1883. « Le matin je suis monté par la superbe route de Zoagli en me dirigeant vers le sud, le long d’une forêt de pins ; je voyais se dérouler devant moi la mer qui s’étendait jusqu’à l’horizon ; l’après midi je fis le tour de toute la baie depuis Santa Margherita jusque derrière Porto fino. C’est sur ces deux chemins que m’est venue l’idée de toute la première partie de Zarathoustra, avant tout Zarathoustra lui-même, considéré comme type ; mieux encore, il est venu sur moi » (jeu de mot sur er fiel mir ein et er überfiel mich). Nietzsche a plusieurs fois certifié n’avoir jamais mis plus de dix jours à chacune des trois premières parties de Zarathoustra : il entend par là les jours
