Ce n’était pas tout de l’avoir interdit, il fallait le supprimer, et ce fut seulement au commencement de 1786 que l’archevêque accorda son autorisation. On ne l’avait pas attendue; de Crosne, récemment nommé lieutenant-général de police, avait voulu payer sa bienvenue au peuple de Paris en lui donnant un marché qui lui manquait, un marché aux légumes, et, avec un discernement où l’on peut trouver quelque habileté politique, il avait choisi l’emplacement du cimetière des Innocens. On dut l’approprier à sa nouvelle destination, abattre l’église, enlever les monumens funéraires, jeter bas les cent soixante-cinq arcades et les charniers qu’elles supportaient, déplacer les ossemens, enlever les terres pourries et fouir le sol assez profondément pour éviter tout danger futur. La Société royale de médecine délégua une commission dont Thouret fut le rapporteur. Celui-ci fut chargé de surveiller et au besoin de diriger l’opération. On ne perdit pas de temps; la commission, nommée en octobre 1785, était à l’œuvre dès le mois de décembre. Les escouades d’ouvriers se relayaient, car on était à la besogne jour et nuit. Pour recueillir les ossemens qu’on allait exhumer, on imagina de créer ce que l’on nomma alors un cimetière souterrain ; on utilisa les longues carrières d’où sont sorties la plupart des constructions du vieux Paris et dont l’entrée était à la Tombe-Issoire. Cette nouvelle nécropole fut consacrée par le clergé dans la journée du 7 avril 1786; ce sont les catacombes. C’est là que l’on transporta tout ce que l’on ramassa alors aux Innocens; les prêtres accompagnaient les chariots funéraires, qui partaient ordinairement du quartier des Halles vers la fin du jour, et arrivaient, la nuit tombée, à l’emplacement indiqué. Le rapport de Thouret nous dit dans une phrase un peu prétentieuse comment on procédait pour installer les morts dans la demeure qu’on leur avait choisie : « L’aspect de ce lieu souterrain, les voûtes épaisses qui semblent le séparer du séjour des vivans, le recueillement des assistans, la sombre clarté du lieu, son silence profond, l’épouvantable fracas des ossemens précipités et roulant avec un bruit que répétaient au loin les voûtes, tout retraçait dans ce moment l’image de la mort et semblait offrir aux yeux le spectacle de la destruction. » Cela signifie que l’on versait les ossemens comme l’on verse un chargement de sable, en faisant basculer le tombereau.
L’emplacement du vieux cimetière, nettoyé, pavé, orné de la fontaine de Pierre Lescot et de Jean Goujon, devint le marché aux légumes que nous avons connu. Les ouvriers qui travaillèrent sous la direction de Thouret n’ont pas enlevé, tant s’en faut, tous les débris humains que la terre recelait. Diverses constructions faites sur le marché en 1808, en 1809, en 1811, nécessitèrent des fouilles
