C’est à la loi seule par exemple qu’il eut recours pour résoudre une des questions les plus graves et les plus délicates qui eussent été léguées à la royauté de juillet par les fautes de la restauration. En mêlant sans cesse la religion à la politique, le gouvernement de la restauration avait contribué à une confusion fatale qui, en jetant le clergé hors de ses voies naturelles, avait amené plus tard de douloureuses et coupables réactions. Dans l’enceinte seule de l’église, le clergé devenait inattaquable, et Casimir Perier n’hésita pas à l’y faire rentrer. Il le fit tout en étendant la protection la plus efficace sur les grands établissemens religieux reconnus, par la loi et sur les affaires religieuses en général. La commission du budget avait demandé la suppression du chapitre de Saint-Denis ; une opposition nombreuse réclamait la suppression d’une trentaine de sièges épiscopaux pour rentrer dans le chiffre du concordat de 1801, modifié en 1817. Le ministère combattit énergiquement et fit rejeter ces mesures, qui pouvaient être considérées comme dirigées, non contre les abus qui avaient compromis la religion, mais contre la religion elle-même. A l’extérieur, la politique de la France dans les affaires religieuses était comme un reflet de sa politique intérieure, et se résumait en ces termes : protection pour le saint-siège, garanties contre la prépondérance de l’Autriche, stipulation de libertés en faveur des populations.
Au reste, c’est Casimir Perier qui s’est chargé de définir lui-même dans le Moniteur le caractère de sa politique à l’égard du clergé ; voici en quels termes il s’expliqua dans le journal officiel à l’occasion de certaines allusions à une persécution religieuse contenues dans une circulaire de l’archevêque de Paris aux curés de son diocèse. « Nous nous affligeons sincèrement de cette injustice, ajoutons, car il faut appeler les choses par leur nom, de cette ingratitude. Les hommes religieux savent si le gouvernement n’a pas employé tous les moyens qui sont en sa puissance pour protéger les intérêts sacrés qu’il honore, pour calmer des préventions qu’on ne l’aide guère à dissiper, pour rétablir entre les ministres de la religion et les citoyens ces relations pacifiques qui peuvent seules assurer la dignité de l’église et lui ménager une influence utile sur la morale publique… En même temps que l’autorité ramenait les relations du gouvernement et du clergé, sous le rapport temporel, aux conditions qui les régissaient sous l’empire, elle s’appliquait à restituer au spirituel de l’église plus de respect, plus d’indépendance que jamais… Aujourd’hui, si l’état ne permet pas à l’église d’envahir ses droits, il ne permet pas non plus d’usurper les libertés de l’église. Elle est maîtresse de ses sacremens et de ses cérémonies