Vaughan fit de nouveaux progrès dans la fraternité rosicrucienne, étant promu au grade d’Adeptus minor par Amos Komenski, la même année où Elias Ashmole entra aussi dans l’ordre. Accompagné de Komenski, Vaughan se rendit à Hambourg, de là il poursuivit seul en Suède, puis à la Haye, où il initia Martin de Vriès. Un an plus tard, il visita l’Italie, et fit connaissance avec Bérigard de Pise. Ce fut un pèlerinage pieux qui témoigna son dévouement à Fausto Socin, car Mlle Vaughan, sur l’autorité de ses documents, considère l’hérétique italien, non seulement comme un sataniste conscient, mais comme le fondateur de la société des Rose-Croix, et l’initiateur de Johann Valentin Andreæ, qu’il a aussi gagné à Lucifer. À son retour, Thomas Vaughan passa un court laps de temps en France, où il conçut le projet d’organiser la franc-maçonnerie telle qu’elle existe à l’heure actuelle, et il lui apparut que les guildes du compagnonnage pourraient en être la matière première. Quand, cependant, il retourna en Angleterre, il conclut que les maçons honoraires ou acceptés, reçus par les
