Il n’y avait d’affirmé, dans cette démission, que l’horreur de la guerre civile, avec le désir de se séparer d’une assemblée au nom de qui elle était faite. Le gouvernement de M. Thiers voulut y voir une adhésion à la Commune. La phrase où les deux députés redevenus citoyens parlaient de défendre, selon les inspirations de leur conscience, la république menacée, ne pouvait être assimilée à un acte insurrectionnel que par les proscripteurs de Versailles, interprétant les écrits selon la méthode de Laubardemont. Floquet voulait se rendre dans sa famille en Alsace, quand, le 12 mai, il fut arrêté à Biarritz, comme ayant participé à l’Insurrection. Il resta détenu à Pau jusqu’à la fin de juin.
Il eut ensuite la plus brillante carrière politique. Elu conseiller municipal de Paris dans le XIe arrondissement en 1872, il devint président de l’assemblée parisienne en 1875 : nommé député en 1876 par le XIe arrondissement, il fut réélu en 1881. Il accepta, en 1882, les fonctions de préfet de la Seine, qu’il quitta pour rentrer à la Chambre. Elu par le département des Pyrénées-Orientales, il devint président de la Chambre en 1885. Aux élections de la même année qui eurent lieu au scrutin de liste, il fut un des quatre élus du premier tour avec MM. Édouard Lockroy, Henri Brisson et Anatole de la Forge. Nommé en même temps par les Pyrénées-Orientales, il opta pour ce département. Il présida encore la Chambre et ne quitta le fauteuil que pour la présidence du Conseil. En 1887, après la démission de M. Grévy, il fut le candidat du parti radical à la présidence de la République. Ce fut Sadi Carnot qui fut élu. De nouveau président du Conseil, en 1888, il soutint la lutte contre le boulangisme et fut alors le champion de tout le parti républicain. Ileut un duel mémorable avec le général Boulanger, dont il sortit vainqueur. M. Clemenceau a tracé de cette rencontre le pittoresque et exact croquis suivant :
